针对您提出的问题，关于月工资5000元、月休息4天，但在休完4天后老板额外放假3天的情况下工资应如何计算，以及是否会扣工资，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，工资分配应当遵循按劳分配原则，即员工按照其提供的劳动量来获得相应的工资报酬。在您的情况中，月工资5000元是双方约定的工资标准。

接下来，我们来看具体的工资计算方式。通常，一个月的标准工作天数是通过（365天-52周*2天休息日-11天法定节假日）/12个月来计算的，这个结果大约是21.75天。因此，在您的案例中，如果当月您已经休完了约定的4天休息日，并且老板因为特殊原因额外放假了3天，那么这3天通常应被视为非您个人原因的休息日，不应从您的工资中扣除。

具体的工资计算公式为：当月应发工资 = （双方约定的工资标准 / 21.75天）* 实际出勤的天数。在这里，“实际出勤的天数”应该包括您正常工作的天数以及老板额外放假的3天，因为这3天并非您个人请假，而是公司安排的休息。

所以，按照上述计算方式，您当月的工资应该是不会受到这额外3天放假影响的。当然，具体的计算还可能受到公司具体规章制度、劳动合同约定以及当地劳动法规的影响，建议您在实际操作时与公司的人力资源部门或财务部门进行确认。

综上所述，根据您提供的情况，老板额外放假的3天不应导致您的工资被扣除。希望这个解答能够帮助您更好地理解工资计算的方式，并解决您的疑虑。