民事案件当事人申请鉴定，法院认为不能启动鉴定程序时，应当告知当事人。以下是详细分析：

在民事案件审理过程中，当事人可能会因某些专门性问题需要法院启动鉴定程序以查明事实。然而，并非所有申请鉴定的情形都能得到法院的准许。当法院认为不能启动鉴定程序时，基于程序正义和当事人权益保护的原则，法院应当告知当事人这一决定及理由。

首先，从程序正义的角度来看，法院作为司法机关，在审理案件过程中应当遵循法定的程序和原则。当事人申请鉴定是行使其诉讼权利的一种表现，法院对于这一申请应当进行审查并作出决定。如果法院决定不能启动鉴定程序，那么应当告知当事人，以确保当事人的知情权得到保障。

其次，从当事人权益保护的角度来看，鉴定程序对于查明案件事实、维护当事人合法权益具有重要意义。如果法院未告知当事人不能启动鉴定程序的理由，当事人可能会因此错失其他证明途径或无法有效行使其诉讼权利。因此，法院告知当事人不能启动鉴定程序的理由，有助于当事人及时调整诉讼策略，维护自身合法权益。

综上所述，民事案件当事人申请鉴定时，如果法院认为不能启动鉴定程序，应当告知当事人这一决定及理由。这不仅是程序正义的要求，也是保护当事人权益的必要措施。如果当事人在此过程中遇到任何问题或疑问，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律帮助和解答。