离职后公司扣钱后又补发工资，劳动者仍然有权申请劳动仲裁。以下是详细的分析和解释：

核心结论

即使公司在离职后扣钱后又补发了工资，如果劳动者认为公司的扣款行为不合法或不合理，仍然有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。

法律依据

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：明确规定了因劳动报酬等发生的争议属于劳动仲裁的受理范围。工资作为劳动报酬的重要组成部分，用人单位无故克扣工资的行为显然违反了这一规定，即使后来补发，也不能掩盖其先前的违法行为。
2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：要求用人单位按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位的扣款行为如果违反了劳动合同或国家规定，劳动者有权申请仲裁。

申请仲裁的注意事项

1. 准备证据：劳动者需要准备充分的证据来证明公司的扣款行为不合法或不合理，如劳动合同、工资单、银行流水、扣款通知等。同时，也需要保留公司补发工资的证据，以证明公司在扣款后进行了补发，但并不能因此免除其先前的违法责任。
2. 确定仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从劳动者知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。如果劳动者的仲裁申请超过了时效期间，仲裁委员会可能不会受理。因此，劳动者需要及时行使自己的权利。
3. 提交仲裁申请：劳动者需要向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交仲裁申请书，详细写明劳动者和用人单位的基本信息、仲裁请求、事实和理由等。

仲裁结果的执行力

如果仲裁委员会经审理认定用人单位存在乱扣工资的行为，会依法作出裁决，要求用人单位支付克扣的工资及可能的赔偿金。用人单位拒不履行裁决的，劳动者有权向法院申请强制执行。

综上所述，离职后公司扣钱后又补发工资，并不能免除其可能存在的违法责任。劳动者如果认为公司的扣款行为不合法或不合理，仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请仲裁时，劳动者需要准备充分的证据，注意仲裁时效，并按照法定流程进行申请。