结论：员工正常离职后发现工资被扣，完全可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

法律依据与解析

1. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：明确规定了因劳动报酬等发生的争议属于劳动仲裁的受理范围。工资作为劳动报酬的重要组成部分，用人单位无故克扣工资的行为显然违反了这一规定，因此你有权申请劳动仲裁。

2. 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：要求用人单位按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，无论你是否离职，用人单位都无权无故克扣你的工资。

3. 《工资支付暂行规定》第九条：进一步强调，劳动关系解除或终止时，用人单位应一次性付清劳动者工资。这为你离职后要求用人单位支付全额工资提供了有力的法律支持。

申请仲裁的注意事项与流程

1. 准备证据：

   • 劳动关系证明：如劳动合同、工作证、考勤记录等，这些能证明你与用人单位之间存在劳动关系。
   • 工资被扣证据：包括工资单（显示被扣前后的数额）、银行工资流水明细、与用人单位关于工资扣除的沟通记录（如微信聊天记录、邮件、通话录音）等，这些能证明你的工资被无故克扣。

2. 确定仲裁时效：

   • 劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从你知道或应当知道权利被侵害之日起计算。因此，你要尽快行动，以免超过时效期间。
   • 若存在仲裁时效中断（如向用人单位主张权利、向有关部门请求权利救济等）或中止（如因不可抗力或其他正当理由无法申请仲裁）的情形，即使离职超过一年，仍可能可以申请仲裁。

3. 提交仲裁申请：

   • 向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交仲裁申请书。
   • 仲裁申请书应详细写明你和用人单位的基本信息、仲裁请求（如要求用人单位足额支付被克扣的工资）、事实和理由等。

4. 参加仲裁庭审：

   • 若申请被受理，按通知时间地点参加庭审，陈述主张并提供证据。
   • 仲裁庭将根据双方陈述和证据进行审理，并最终作出裁决。

特殊情况说明

若用人单位能证明你的离职给其造成了经济损失，如未按规定办理工作交接导致的业务受影响或直接经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿。但需注意，每月扣除的赔偿费用不得超过你当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果用人单位扣除的工资超出了这个范围，那么其行为仍然是违法的。

仲裁结果的执行力

• 若仲裁委员会经审理认定用人单位存在乱扣工资的行为，会依法作出裁决，要求用人单位支付克扣的工资。
• 若用人单位拒不履行裁决，你有权向法院申请强制执行，以确保自身合法权益得到切实维护。

建议：在申请劳动仲裁前，你可以先尝试与用人单位进行协商，看是否能解决问题。如果协商无果，再按照上述流程申请劳动仲裁。在整个过程中，你要保持冷静和理性，依法维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。