在公司合并的情况下，如果员工不愿意前往新单位工作，这确实是一个需要细致处理的问题。以下是我根据《劳动合同法》及相关法律规定，为您提供的详细解答：
一、核心结论
员工在公司合并后不愿前往新单位，双方应首先尝试协商沟通。如协商无果，可依据《劳动合同法》处理劳动合同变更、解除及经济补偿等事宜。
二、法律基础与员工权利
劳动合同继续有效原则：
- 根据《劳动合同法》第三十四条，公司合并时，原劳动合同继续有效，由承继权利和义务的用人单位履行。但员工有权利基于合同变更的重大性提出异议。
劳动合同变更与解除：
- 若合并导致工作地点、工作内容等发生重大变化，且双方未就变更达成协议，根据《劳动合同法》第四十条第三款，公司可提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后解除劳动合同。
经济补偿规定：
- 因上述原因解除劳动合同的，公司需按员工在本单位工作年限支付经济补偿，标准为每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年计算，不满六个月支付半个月工资。
三、具体应对策略
协商沟通：
- 公司应与员工进行深入沟通，了解不愿前往的具体原因，并解释合并的背景、目的及对员工的具体影响。
- 员工也应明确表达自己的疑虑和合理要求，以便公司能够针对性地回应和解决。
调整与适应：
- 在合法范围内，公司可根据员工的实际情况调整工作安排，如提供培训、调整岗位或工作地点等，以满足员工的合理需求。
法律途径：
- 如双方无法达成一致，可协商解除劳动合同，并明确经济补偿标准及相关程序。
- 如协商不成且符合法定条件，公司可依法解除劳动合同，但需确保程序的合法性，包括提前通知、支付经济补偿等。
- 如因劳动合同变更、经济补偿等问题产生争议，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的可向人民法院提起诉讼。
四、特别提醒
保留证据：
- 员工在采取任何行动前，应确保保留所有可能涉及的法律文件、沟通记录等，以备不时之需。
合理运用法律：
- 员工应合理运用《劳动合同法》中的相关规定，通过合法途径维护自己的合法权益，不可盲目行事或轻易放弃权利。
综上所述，当公司合并后员工不愿意前往新单位时，双方应首先通过协商沟通寻求解决方案。如协商无果，可依据相关法律法规处理后续事宜。在整个过程中，员工应保留好相关证据，并在必要时寻求专业法律帮助以维护自身权益。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的解答，请随时向我咨询。