单位仅凭自己保留的两份合同，主张员工多次违反公司规章制度并解除劳动合同，这一行为不一定合法。具体分析如下：

1. 合同管理与规章制度：

   • 单位保留两份合同本身并不直接决定解除劳动合同的合法性。关键在于单位是否能证明员工确实多次违反了公司规章制度，并且这些规章制度是合法、有效且已向员工公示的。
   • 如果单位不能提供充分的证据来证明员工的违规行为，或者规章制度本身存在违法、未公示等问题，那么单位解除劳动合同的行为就可能构成违法解除。

2. 解除劳动合同的合法性：

   • 根据《劳动合同法》的规定，单位在解除劳动合同时，必须遵守法律规定的条件和程序。如果单位以员工违反规章制度为由解除劳动合同，那么必须确保规章制度的内容合法、有效，且员工确实存在违反规章制度的行为。
   • 如果单位不能证明上述两点，或者解除劳动合同的程序存在瑕疵（如未提前通知、未支付经济补偿等），那么单位的行为就可能构成违法解除，员工有权要求单位支付赔偿金。

3. 员工的权益保护：

   • 面对单位的解除劳动合同决定，员工有权进行申诉和维权。如果认为单位的解除行为不合法，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位恢复劳动关系或者支付赔偿金。
   • 在维权过程中，员工应尽可能收集并保留相关证据，如劳动合同、规章制度、违规记录、解除通知等，以便在仲裁或诉讼中证明自己的主张。

综上所述，单位仅凭自己保留的两份合同主张员工多次违反公司规章制度并解除劳动合同，并不一定合法。员工在面临此类情况时，应了解自己的权益和维权途径，并积极收集证据进行维权。如果你有更具体的情况或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。