代扣代缴车船税退给公司是不合法的。下面我将从法律角度对此进行详细解释。

法律背景

车船税是由车辆、船舶的所有人或管理人依法向国家缴纳的一种税费，其征收和管理依据是《中华人民共和国车船税法》及其实施条例。根据这些法律法规，车船税的缴纳主体是明确的，即车辆、船舶的所有人或管理人。

代扣代缴的合法性

代扣代缴通常指的是由支付单位在支付款项时，根据法律法规的规定，代扣代缴相关税费并上缴给税务机关。然而，这种代扣代缴的行为必须基于法律法规的明确授权。对于车船税而言，并没有法律法规规定可以由公司代扣代缴后退还给公司。

退税的合法性

退税是指税务机关按照法律法规的规定，将已经征收的税费部分或全部退还给纳税人的行为。退税通常发生在以下几种情况：纳税人缴纳的税费超过应缴税额、税务机关误征税费、税收政策调整导致多缴税费等。然而，这些退税情况都不适用于公司代扣代缴车船税后退还给公司的情形。

法律建议

1. 遵守法律法规：公司应严格遵守国家税收法律法规，不得擅自代扣代缴车船税后退还给公司，以免触犯法律。
2. 正确履行纳税义务：车辆、船舶的所有人或管理人应依法履行纳税义务，按时足额缴纳车船税。
3. 咨询专业意见：如有任何税收方面的疑问或困惑，建议及时咨询专业税务机构或律师，以确保自身行为的合法性。

综上所述，代扣代缴车船税退给公司是不合法的。公司应严格遵守国家税收法律法规，正确履行纳税义务，并咨询专业意见以确保自身行为的合法性。