保险机构代收车船税是完全合法的，这一行为有着明确的法律依据和严格的操作流程。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国车船税法》及其实施条例，从事机动车第三者责任强制保险业务的保险机构被明确指定为机动车车船税的扣缴义务人。这意味着，保险机构在收取保险费的同时，有法律义务依法代收车船税，并出具相应的代收税款凭证。
二、代收流程的合法性
信息核对与采集：保险机构在办理交强险业务时，会仔细核对纳税人提供的车辆信息，如车辆识别码、发动机号等，确保与车险信息平台和国家税务总局系统中的车辆基础信息一致。这一步骤确保了代收车船税的准确性和合法性。
税款计算：根据车辆类型、排量、使用性质等因素，保险机构会按照车船税的相关规定计算应纳税额。这一计算过程遵循了税收法规，确保了税款的合理性。
税款代收与凭证出具：在收取保险费的同时，保险机构会一并代收车船税，并在相关文书中明确列出税款金额。同时，向纳税人开具注明已收税款信息的交强险保险单和保费发票，作为代收税款凭证。这一步骤确保了税款的透明度和可追溯性。
税款上缴：保险机构会定期（一般为每月）将代收的车船税税款向当地税务机关申报解缴，并报送相关的车辆信息和税款明细数据。这一步骤确保了税款的及时上缴和税收管理的规范性。
三、特殊情况处理的合法性
保险机构在代收车船税过程中，还会遇到一些特殊情况，如减免税处理、已缴纳税款处理、拒缴处理、外地车辆处理以及退税处理等。对于这些情况，保险机构都有明确的处理流程和规定，确保在合法合规的前提下进行妥善处理。
四、档案管理与监督的合法性
保险机构在代收车船税过程中，还会做好相关档案的保存和整理工作，确保资料的完整性和准确性。同时，保险机构还会与税务机关建立工作协调机制和信息交换机制，加强部门配合，共同做好车船税的征收管理工作。这些措施确保了税收管理的规范性和透明度。
总结：保险机构代收车船税是一项重要的法定职责，它有着明确的法律依据、严格的操作流程和完善的特殊情况处理机制。因此，您可以放心地通过保险机构代收车船税，这是完全合法且安全的。如果您在代收过程中遇到任何问题或疑问，也可以随时向保险机构或税务机关咨询和求助。