对于您提出的关于在两家公司任职但只由一家公司缴纳社保的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、社保缴纳的基本原则
根据我国社保相关规定，个人在同一时间原则上只能有一份社保关系，遵循“一人一保”的原则。这是为了保障社保资源的合理利用，并避免重复参保的情况。随着社保系统全国联网的逐步推进，这一规定的执行力度也在不断加强。
二、具体险种的缴纳规定
养老保险：您只能在两家公司中选择一家来交纳养老保险，因为每个人只能拥有一个社保账户，且只能由一个单位为其缴纳社保费用。
医疗保险：与养老保险相同，医疗保险也不能重复交纳。您应选择一家公司交纳医保，以确保能够享受正常的医疗报销待遇。
工伤保险：如果您在两个或两个以上用人单位同时就业，各用人单位应当分别为您缴纳工伤保险费。若发生工伤，由您受到伤害时工作的单位依法承担工伤保险责任。
失业保险、生育保险及住房公积金：这些险种的交纳情况与养老和医疗保险类似，您不能同时在两家公司交纳。您需要在其中一家公司进行交纳，并确保自己的权益得到保障。
三、建议与处理方式
选择主要工作单位缴纳：建议您选择在对您职业发展更为重要、工作时间更长或收入更高的那家公司主要缴纳社保。
与公司协商：如果两家公司的工作都比较重要且工作时间相对均衡，您可以与两家公司协商，确定由其中一家缴纳社保，并向另一家公司说明情况。
明确告知与权益了解：您有义务将同时在两家公司任职的情况如实告知公司，并清楚了解自己在另一家公司的劳动权益保障问题。即使选择在一家公司缴纳社保，未缴纳社保的公司也需按照法律规定承担相应责任。
咨询当地社保机构：在决定如何交纳社保之前，我强烈建议您咨询当地的社保机构或相关部门，了解具体的政策和规定，以确保您的决策符合法律法规要求。
及时维权：如果您发现任何公司存在漏缴或未按规定交纳社保的情况，应及时向相关部门投诉并维护自己的合法权益。
综上所述，对于在两家公司任职但只由一家公司缴纳社保的情况，您需要根据自己的实际情况做出合理选择，并确保自己的社保权益得到充分保障。在操作过程中，请务必遵守相关法律法规和政策规定，避免产生不必要的风险和纠纷。