针对您提出的问题“没有与甲方签订甲供材合同，工程发票开了3%怎么办”，这主要涉及到工程发票的税率问题以及可能的合同与开票不一致的情况。以下是我对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，工程发票的税率通常是由工程项目的性质、合同内容以及纳税人的身份等因素决定的。在您的情况中，由于未签订甲供材合同，但工程发票已经开具了3%的税率，这可能存在以下几种情况：

1. 合同与开票税率不一致：如果合同中约定的税率与实际开票的税率不一致，这可能是由于合同内容或纳税人身份的变化导致的。在这种情况下，建议您首先与甲方进行沟通，确认合同中的税率约定，并协商如何处理这种不一致。如果双方无法达成一致，您可能需要咨询专业的税务机构或律师，以获取更具体的法律建议。

2. 纳税人身份问题：如果施工单位是小规模纳税人，而合同是以一般纳税人的身份签订的，这可能导致税率的不一致。根据税务法规，不同身份的纳税人适用的税率是不同的。在这种情况下，您也需要与甲方沟通，确认纳税人的身份，并据此调整合同或发票。

3. 税务法规的变化：税务法规是不断变化的，如果近期有相关的税务政策调整，也可能导致税率的不一致。因此，建议您关注最新的税务政策，以确保您的合同和发票符合当前的规定。

针对您已经开具了3%税率的工程发票，如果这确实是由于上述某种原因导致的，您可能需要采取以下措施：

• 与甲方协商：首先与甲方进行沟通，解释税率不一致的原因，并协商如何处理。如果可能的话，可以签订补充协议或修改原合同，以明确税率的约定。
• 咨询税务机构：如果双方无法达成一致，或者您对税务问题不太了解，建议咨询专业的税务机构。他们可以根据您的具体情况，提供针对性的税务建议。
• 调整发票或补税：根据与甲方的协商结果或税务机构的建议，您可能需要调整已经开具的发票或补缴相应的税款。

总之，处理这类问题需要谨慎和细心。建议您在与甲方沟通的同时，也关注最新的税务政策，并咨询专业的税务机构或律师，以确保您的权益得到妥善保护。