公司以员工有农保为由不给其缴纳社保是违法的。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第七十二条规定，社会保险基金按照保险类型确定资金来源，逐步实行社会统筹。用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。
- 第一百条规定，用人单位无故不缴纳社会保险费的，由劳动行政部门责令其限期缴纳；逾期不缴的，可以加收滞纳金。
《中华人民共和国社会保险法》：
- 第五十八条规定，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。
- 第六十三条规定，用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。
这些法律条款明确指出了用人单位为员工缴纳社保是其法定的、强制性的义务，不能因员工已参加农保而免除。
二、社保与农保的区别及关系
参保对象与保障范围：
- 社保主要面向在城市中有工作的单位职工、个体工商户等，提供全面的社会保障，包括养老保险、医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险等。
- 农保则针对农村居民群体，主要是新型农村社会养老保险（新农保）和新型农村合作医疗（新农合），其保障水平相对较低。
缴费方式与标准：
- 社保费用由用人单位和职工共同承担，缴费基数较高，根据工资收入情况确定。
- 农保缴费标准相对较低，由个人缴费、集体补助和政府补贴构成。
关系处理：
- 农保和社保是两种不同的保障体系，但并非互斥。对于已经缴纳了农保的个人，如果进入企业工作，企业仍需要为其缴纳社保。个人可以根据政策规定将农保转为社保或进行转移接续，但需避免重复参保。
三、法律责任与解决办法
法律责任：
- 如果公司不依法为员工缴纳社保，将面临法律制裁，包括被责令限期缴纳、加收滞纳金、罚款等。
解决办法：
- 员工可以先与公司进行协商，明确指出公司的行为违法，要求公司依法为其缴纳社保。
- 若协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
综上所述，公司以员工有农保为由拒绝缴纳社保是违法的。公司应依法履行缴纳社保的义务，为员工提供全面的社会保障。同时，员工也应了解自己的权益，在必要时采取合法途径维护自己的合法权益。