在办理不动产证时，如果实际占地面积超出了原规划或合同约定的面积，通常需要根据相关法律法规及当地政策来计算超出的费用。以下是一般情况下的处理方式：

1. 确定超出面积：首先，需要通过专业的测量机构对不动产进行实际测量，以确定超出的具体面积。

2. 查阅相关法律法规及政策：不同地区对于超出面积的处理方式可能有所不同，因此需要查阅当地的相关法律法规及政策文件，了解具体的计算标准和费用标准。

3. 计算费用：

   • 土地出让金：如果超出面积涉及到了土地使用的增加，可能需要按照当地土地出让金的标准来补缴相应费用。
   • 罚款：在某些情况下，超出面积可能被视为违法行为，需要按照相关规定缴纳罚款。
   • 其他费用：还可能包括测量费、登记费等与超出面积处理相关的其他费用。

4. 办理手续：在缴纳了相关费用后，需要按照当地不动产登记机构的要求，提交相关材料并办理不动产证的变更手续。

需要注意的是，具体计算方式和费用标准可能因地区而异，因此建议你在处理此类问题时，先咨询当地的不动产登记机构或相关部门，以获取最准确的信息和指导。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。