针对您提出的不动产权证超占面积的问题，以下是根据不同情况和相关法规政策给出的详细解答：

一、农村宅基地房屋超占面积的处理

1. 历史遗留问题：

   • 1987年以前超占：
     • 处理方式：一般按实际使用面积进行确权登记。
   • 1987年以后至现行法规实施前超占：
     • 若符合规划且不能还耕，经申请可保留并缴纳土地使用费后确权登记，同时在登记证中注明超占部分，并明确未来拆除或重建时需自行无偿拆除超占部分。
     • 若不符合规划且能还耕，则须拆除超占部分，不拆除不给予确权登记。

2. 新建房屋超占：

   • 符合规划但超占：
     • 可能给予补办手续、缴纳费用后确权登记的机会，或在登记证中注明“超占面积”待后续处理。
   • 不符合规划或占用永久基本农田：
     • 责令限期拆除或恢复原状，拒不执行者可申请法院强制执行。

3. 特殊情况：

   • 如超占面积暂时无法整改，可在不动产登记簿中注明，待分户、翻建时按政府规定的面积重新划定确权，超出的部分面积退还村集体。
   • 部分地区试行宅基地有偿使用政策，超占者可按规定缴纳有偿使用费。

4. 面积标准：

   • 农村宅基地面积标准因地区而异，通常根据家庭人员和本村建设用地使用情况确定，例如1-2人户总用地面积不得超过95平方米，3人及以上户不得超过125平方米。同时，建筑占地面积、层数和高度等方面也有相应的限制。

二、国有土地上房屋超占面积的处理

1. 存在合法历史原因的超占：

   • 可能通过补缴土地出让金等相关费用后完善用地手续。

2. 未经批准擅自超占：

   • 属于违法占地行为，土地管理部门将依法要求限期拆除超占部分并恢复土地原状。拒不执行者，可依法申请人民法院强制执行。

三、建议与维权

1. 保留证据：妥善保管宅基地审批文件、历史权属证明等相关证据，以备不时之需。
2. 主动申报：发现超占问题应主动向相关部门申报，选择缴费或整改以减轻可能的处罚。
3. 法律咨询：对处理方案有疑问或面临行政处罚时，建议咨询专业律师，了解法律救济途径，如申请行政复议或提起行政诉讼。

综上所述，不动产权证超占面积的处理需结合具体情况和当地法规政策进行。建议您在处理前详细了解相关规定，并咨询当地土地管理部门或专业律师以获取更准确的指导。