若不动产权证面积超出合同约定部分且合同已有约定，通常按照合同约定处理。以下从不同角度为你详细分析：
合同约定有效且明确的情况
- 处理方式：当合同中对于不动产权证面积超出部分有明确且有效的约定时，双方应当严格按照合同约定履行。例如，合同约定“若不动产权证面积比合同约定面积超出3%以内（含3%），买方按照合同单价补足超出部分的房款；若超出3%以上，买方有权选择解除合同或者仅按照合同单价补足3%以内（含3%）超出部分的房款，超出3%以上的部分房款由卖方承担”。在这种情况下，一旦出现不动产权证面积超出合同约定面积的情形，就按照该具体约定来操作。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百六十五条规定，依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。所以合同中的有效约定对双方都有约束力，双方需依约行事。
合同约定存在歧义或不合理的情况
- 歧义处理：如果合同中关于不动产权证面积超出部分的约定存在歧义，双方对约定内容有不同的理解，那么可能需要根据合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则等来确定约定的真实含义。例如，合同约定“买方需承担面积差异带来的费用”，但对于面积差异的范围、计算方式等没有明确，此时就需要综合各方面因素来判断双方的真实意图。在这种情况下，双方可以先进行协商，协商不成的，可能会需要通过诉讼或仲裁等方式，由法院或仲裁机构根据相关原则来解释合同约定。
- 不合理约定处理：若合同中的约定明显不合理，显失公平，例如约定无论面积超出多少，买方都必须无条件接受并按超高价格补足房款，这种情况下，受损害方可以依据《中华人民共和国民法典》第一百五十一条规定，请求人民法院或者仲裁机构予以撤销该约定。一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。不过需要注意的是，撤销权需要在知道或者应当知道撤销事由之日起一年内行使。
合同未约定但实际发生面积超出的情况（虽你提到合同有约定，但为全面分析也列出此情况）
- 一般处理原则：如果合同没有对不动产权证面积超出部分作出约定，根据相关司法解释，出卖人交付使用的房屋套内建筑面积或者建筑面积与商品房买卖合同约定面积不符，合同有约定的，按照约定处理；合同没有约定或者约定不明确的，按照以下原则处理：面积误差比绝对值在3%以内（含3%），按照合同约定的价格据实结算，买受人请求解除合同的，不予支持；面积误差比绝对值超出3%，买受人请求解除合同、返还已付购房款及利息的，应予支持。买受人同意继续履行合同，房屋实际面积大于合同约定面积的，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款由买受人按照约定的价格补足，面积误差比超出3%部分的房价款由出卖人承担，所有权归买受人；房屋实际面积小于合同约定面积的，面积误差比在3%以内（含3%）部分的房价款及利息由出卖人返还买受人，面积误差比超过3%部分的房价款由出卖人双倍返还买受人。
- 面积误差比计算公式：\(面积误差比 = \frac{(产权登记面积 - 合同约定面积)}{合同约定面积}× 100\%\)。例如，合同约定房屋面积为100平方米，不动产权证登记面积为105平方米，那么面积误差比\(=\frac{(105 - 100)}{100}× 100\% = 5\%\)。
在实际操作中，如果遇到不动产权证面积超出合同约定部分且合同有约定的情况，建议先仔细审查合同条款，按照合同约定处理；若对合同约定有疑问或存在争议，及时收集相关证据，如合同文本、不动产权证等，以便在协商不成时通过法律途径维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询。