关于集体土地证记载的超占合法面积的计算问题，这主要涉及到集体土地使用证的相关规定以及不同时间段的政策处理。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，集体土地使用证是确认土地使用权的法律凭证，其记载的面积应当是合法使用的面积。如果实际建房面积超出了土地使用证上记载的面积，那么超出的部分就属于超占面积。

对于超占面积的处理，根据相关政策规定，主要分为以下几个时间段：

1. 1982年《村镇建房用地管理条例》实施前：

   • 如果农村村民建房占用的宅基地在《村镇建房用地管理条例》实施后至今未扩大用地面积的，可以按现有实际使用面积确权登记。这意味着，如果在这个时间段之前建房，并且之后没有扩大面积，那么即使实际面积超出了土地使用证上的记载，也可以按照实际面积进行确权。

2. 1982年至1987年：

   • 在这个时间段内，农村村民建房占用的宅基地如果超过当地规定面积标准的，超过部分需要按照当时国家和地方有关规定处理后，才能按实际使用面积确权登记。这通常意味着，超占部分可能需要缴纳一定的费用或者接受其他形式的处罚，之后才能被确认为合法使用面积。

3. 1987年《土地管理法》实施后：

   • 在这个时间段之后，农村村民建房占用的宅基地应当按照批准面积填写使用权面积。如果实际占用面积超过批准面积的，可以在“集体土地使用证”记事栏内注明超过批准的面积，并在宗地图上按实际占用范围绘制。对于能确定超占范围的，还需要在宗地图上用虚线标注超占部分。这意味着，超占部分虽然会被记录在土地使用证上，但并不会被确认为合法使用面积，而是作为超占部分进行备注。

此外，对于无权属来源证明或权属来源证明不齐全的宅基地，也有相应的处理规定。如果这些宅基地在2009年12月31日第二次全国土地调查结束之前已建成使用，并且符合土地利用总体规划等相关规划的，可以由本农村集体经济组织（村委会）出具证明，对土地权利人、面积、范围、取得时间等进行确认，并公告30天。公告无异议的，经乡（镇）人民政府或街道办事处审核后，报县（市、区）人民政府审定，确定宅基地使用权。

最后，需要强调的是，“一户一宅”原则是集体土地使用的重要原则，严格禁止搞虚假土地登记，也严格禁止对违法用地未经依法处理就登记发证。因此，在处理超占面积问题时，必须遵循相关法律法规和政策规定，确保土地使用的合法性和合规性。

综上所述，集体土地证记载的超占合法面积的计算需要根据不同时间段的政策规定进行具体分析。在实际操作中，建议咨询当地土地管理部门或专业律师以获取更准确和具体的指导。