超占集体建设用地面积的处理方式需根据具体情节和法律规定综合判断，主要分为以下几种情况：

1. 行政处罚与责令改正
   根据《土地管理法》第七十七条、第七十八条，超占集体建设用地属于违法行为，自然资源主管部门（原国土部门）可责令退还非法占用的土地，限期拆除或没收在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，并可处以罚款（罚款标准为每平方米100元至1000元，具体根据超占面积和土地性质确定）。
   关键点：行政处罚是首要处理方式，目的是恢复土地合法使用状态。

2. 补办用地手续（有限条件下）
   若超占行为符合土地利用总体规划，且未严重破坏耕地或生态，经县级政府批准后，可补办建设用地审批手续，但需依法缴纳土地有偿使用费（如出让金或租金）及罚款。
   例外情形：若超占部分涉及永久基本农田，则一律不得补办手续，必须强制退还。

3. 刑事责任风险（极端情况）
   若超占面积达到刑事立案标准（如非法占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上），可能构成《刑法》第三百四十二条规定的“非法占用农用地罪”，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
   提示：刑事责任需结合主观故意、土地性质和面积综合认定，普通超占行为通常以行政处罚为主。

4. 民事赔偿与纠纷解决
   若超占行为损害集体经济组织或其他成员权益，受害方可依据《民法典》第二百三十六条要求停止侵害、返还土地，或通过民事诉讼主张赔偿（如土地收益损失、恢复原状费用等）。
   实践建议：集体经济组织可通过民主议定程序（如村民会议）决定是否追究超占者责任。

操作建议：

• 立即停止超占行为，主动与村委会或乡镇政府沟通，评估是否符合补办手续条件；
  
• 保留土地权属证明、建设审批文件等证据，避免因证据缺失加重责任；
  
• 若面临行政处罚或诉讼，及时委托律师介入，重点审查处罚程序合法性、土地性质认定准确性等关键问题。
  

如有具体案件细节（如超占面积、土地性质、建设用途等），可进一步向我咨询，我会结合地方性法规提供更精准的分析。