针对“超占土地面积怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及多方面因素且需要细致处理的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：

一、处理原则

首先，处理超占土地面积应遵循“尊重历史、依法依规、分类处理”的原则。这意味着在处理过程中，我们需要考虑超占发生的时间、具体原因以及当地的法规政策，以确保处理方式的合理性和合法性。

二、历史遗留问题导致的超占处理

1. 1982年《村镇建房用地管理条例》实施前：

   • 如果超占发生在这一时期之前，并且至今未扩大用地面积，那么通常可以按现有实际使用面积进行确权登记，即合法认定。

2. 1982年至1987年《土地管理法》实施期间：

   • 对于这一时期的超占，需要按照当时国家和地方的规定进行处理后，方可按实际使用面积确权登记。这可能涉及罚款等处理措施。

3. 1987年《土地管理法》实施后：

   • 如果超占符合规划但超标，那么在补办相关用地手续后，可以对标准面积进行确权登记。超占部分则需要在登记簿和权属证书中注明，待未来分户建房或房屋拆迁、改建等时再按规定处理。

三、非历史遗留问题导致的超占处理

1. 能够拆除退还的情况：

   • 如果超占是未经批准擅自占用且不符合土地利用总体规划的（如基本农田上超占），那么相关部门有权责令退还并限期拆除。

2. 不能拆除可采取补救措施的情况：

   • 如果超占符合土地利用总体规划且不影响其他规划和公共利益，那么可以通过补缴土地使用费等方式将超占部分变为合法用地。部分地区可能对超占部分不予确权登记，但允许继续使用，并在房屋重建、翻建时调整至规定面积。

四、其他处理方式

1. 行政处罚：

   • 对于故意超占或超占面积较大的行为，相关部门可以依法进行罚款、责令拆除超出部分等行政处罚。

2. 补缴费用：

   • 在某些情况下，如果超占面积不大且符合条件，可以通过补缴土地使用费、规划费等来处理。

3. 重新办理审批手续：

   • 如果超占是由于原审批手续有误或未及时更新导致的，可以尝试重新办理审批手续以获得合法使用权。

4. 法律诉讼：

   • 如果对处理结果不满或认为权益受侵犯，可以寻求专业律师帮助，通过行政诉讼或民事诉讼等法律途径维护合法权益。

五、处理步骤与建议

1. 立即停止违法行为：发现超占后应立即停止进一步建设或扩建。

2. 了解法律法规：仔细研读当地土地管理、城乡规划等相关法律法规，以便更好地了解自己的权益和义务。

3. 主动报告：向自然资源主管部门或乡镇政府报告超占情况，并说明原因和整改计划。

4. 接受处罚并整改：根据相关部门调查评估，接受行政处罚（如罚款、拆除等），并制定执行整改措施。

5. 申请合法手续：如需增加建筑面积或进行其他建设活动，应按程序提交申请并获得批准。

6. 避免再次违规：整改完成后，严格遵守相关法律法规，避免再次出现超占等违规行为。

六、总结与提醒

处理超占土地面积的问题需要综合考虑多种因素，包括超占时间、原因及当地法规等。建议您在处理此类问题时，积极与当地相关部门沟通协商，并咨询专业法律顾问或律师以获取具体法律意见和帮助。同时，也应增强法律意识，遵守土地管理和城乡规划等相关法律法规，确保土地使用的合法性和合规性。