在公司补缴社保的情况下，员工确实需要补缴其个人应缴纳的部分。以下是对这一问题的详细解答：
一、社保补缴的基本原则
社会保险费是由用人单位和职工共同缴纳的，这是社保制度的基本原则。在社保补缴时，也应遵循这一原则，即单位需要补缴单位应缴部分，员工需要补缴个人应缴部分。
二、不同情况下的补缴责任
应缴未缴情况：
- 如果是因为公司原因导致社保存在应缴未缴的情况，如漏报员工社保信息、故意少缴社保基数等，员工在补缴时需要按照相应比例承担个人应承担的部分。
政策调整等非公司原因：
- 在社保政策调整、社保系统升级等非公司主观故意造成的补缴情况下，员工同样需要补缴个人部分。例如，当地社保政策变动要求对之前一段时间内的社保缴费基数进行调整性补缴，员工和公司都需按新规定分别补缴。
特殊约定情况：
- 如果公司自行承诺给予员工高于法定社保待遇标准的社保补缴，并且这部分补缴并非法定要求，那么超出法定个人应缴范围的部分，员工无需承担。但这需要基于双方之间的特殊约定。
三、补缴社保的重要性及影响
- 员工及时补缴个人应缴纳的社保费用，对于保障其社保权益至关重要。社保缴费情况与养老保险累计缴费年限、医疗保险报销待遇等紧密相关。
- 如果员工不补缴个人应承担的社保费用，公司将无法单独完成补缴操作，因为社保系统是根据用人单位和个人的共同缴费情况来记录社保权益的。这将直接影响员工的社保待遇和权益享受。
四、法律依据
- 根据《中华人民共和国社会保险法》的相关规定，社会保险费由用人单位和职工共同缴纳。该法还规定，用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。这一规定间接强调了员工补缴个人社保费用的重要性。
五、实际操作流程
在实际社保补缴业务中，操作流程通常如下：
- 核算金额：用人单位会核算出单位应补缴的金额以及员工个人应补缴的金额。
- 统一缴纳：用人单位先统一向社保经办机构缴纳包括单位部分和个人部分的全部补缴费用。
- 工资扣除：之后，用人单位再从员工工资中扣除员工个人应补缴的部分，并在工资条上明确反映。
六、总结与建议
综上所述，公司在补缴社保时，员工需要出钱补缴个人应缴纳的部分。这是社保制度的基本原则和法律法规的规定。为确保自身社保权益的完整性和连续性，员工应积极配合公司完成社保补缴工作。同时，员工也应关注自身社保权益的变化，如发现公司补缴社保存在不合理情况，应及时与公司协商或向相关部门投诉以维护自身权益。