您好，关于您提出的灵活就业和职工社保重复缴纳的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，重复参保是不被允许的，您需要根据自己的实际情况选择一个参保关系进行保留。针对您的情况，即在失业期间以灵活就业人员身份在深圳自费缴纳了职工养老保险，随后在广州重新就业并由公司缴纳了职工养老保险，但错误地认为深圳的灵活就业养老保险会自动停止，导致重复缴纳了两个月。对于这种情况，您可以按照以下步骤处理：

1. 准备相关材料：

   • 劳动合同：证明您与广州公司之间的劳动关系。
   • 社保缴费证明：证明您在广州公司已经缴纳了职工养老保险。
   • 工资发放材料：如工资条或银行流水，进一步证明您的就业情况。

2. 前往办理退费：

   • 携带上述准备好的材料，前往深圳税务局办理灵活就业养老保险的退费手续。税务局会根据您提供的材料进行审核，并为您办理退费。

3. 注意事项：

   • 及时办理：发现重复缴纳后，应尽快前往办理退费手续，以免产生不必要的麻烦。
   • 保留凭证：在办理过程中，请妥善保留好所有相关凭证和单据，以备后续查询或核对。

另外，对于医保的重复参保问题，根据医保政策规定，重复参保人员仅可选择保留一个有效参保关系。具体选择原则如下：

• 重复参加职工医保的，原则上保留现就业地参保关系。
• 重复参加城乡居民医保的，根据参保人的意愿自行选择一个参保地，原则上保留常住地参保关系。
• 学生重复参保的，原则上保留学籍地参保关系。
• 跨制度重复参保且连续参加职工医保一年以上的，原则上保留职工医保参保关系。
• 灵活就业人员跨制度重复参保的，保留一个可享受待遇的参保关系，暂停重复参保的参保关系。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在办理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时联系相关部门或咨询专业人士。