如果您发现灵活就业和职工交费养老金有重复缴纳的情况，可以按照以下步骤处理：

首先，您需要立即停止在两地或多地重复缴纳社保费用，以避免进一步的重复缴费。

接下来，根据相关政策规定，参保人员同时在两地或两地以上存续基本养老保险关系且部分缴费属期重复的，其重复缴纳的个人账户存储额将会退还给您。具体来说，当您的两个社保账户转移到一起，或者在社保合并的过程中，社保机构会发现重叠的部分，并会要求您退其中一个社保账户的个人缴费部分。企业缴纳的部分，即统筹部分，一般无法退回。

需要注意的是，合并社保账户不会影响您的累计缴费年限，因此您不必担心重复缴费会对您的社保权益产生负面影响。

在处理过程中，您可能需要与社保经办机构进行沟通，提供相关证明材料，以便他们能够准确地处理您的重复缴费问题。如果您对具体流程或政策有疑问，建议您咨询当地社保经办机构或相关部门，以获取更详细和准确的解答。

总的来说，处理灵活就业和职工交费养老金重复缴纳的问题需要遵循“先转后清”的原则，即先合并社保账户，再清理重复缴费部分。希望这些信息能够帮助您解决问题。