当您从灵活就业状态转为机关单位工作时，关于社保缴费的处理方式，您可以按照以下步骤进行：

首先，您需要停止以灵活就业人员的身份继续缴纳社保费用。这通常涉及到前往当地社保部门或线上服务平台，办理灵活就业社保停止缴费的手续。确保您已经完成了所有的缴费并妥善处理了相关手续。

接下来，您的机关单位将负责为您办理职工社保的参保手续。单位会按照在职职工的方式，为您向社保部门申报并缴纳社会保险费用。这包括养老保险、医疗保险、失业保险等各项社保项目。

关于您之前以灵活就业人员身份缴纳的养老保险费用，您无需担心这部分缴费会清零。无论是灵活就业转为企业职工缴费，还是因失业等原因中断缴费，您前后的缴费年限和养老保险个人账户储存额都是累计计算的，不会因身份转变而清零。

另外，如果您的机关单位与您之前的灵活就业参保地不在同一个省份，或者您之前参加的是城乡居民养老保险而现在转为城镇职工养老保险，您可能需要考虑办理养老保险关系的转移手续。这通常涉及到向新参保地提出申请，并按照国家规定办理相关转移手续。但请注意，如果单位在省内且不跨险种参保，则无需转移养老保险关系。

总之，从灵活就业转为机关单位工作后，您需要及时办理社保缴费的变更手续，并确保您的社保关系得到妥善处理。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请咨询当地社保部门或您的机关单位人事部门。