残保金申报的工资总额是基于应发工资来进行计算的，而非实发工资。以下是详细的解析：
一、政策依据
根据《残疾人就业保障金征收使用管理办法》（财税〔2015〕72号）的明确规定，用人单位在职职工年平均工资的计算，是基于用人单位在职职工工资总额来确定的，而此处的“工资总额”特指应发工资总额，遵循国家统计局关于工资总额组成的有关规定。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：这是劳动者在提供正常劳动后，用人单位应当支付的全部工资报酬。它包括了基本工资、奖金、津贴、补贴以及加班加点工资等，并且是扣除个人所得税、社会保险费、住房公积金等扣款项目之前的金额。
实发工资：这是劳动者实际领取的工资，即应发工资在扣除了个人所得税、社保个人缴纳部分、公积金个人缴纳部分以及其他可能扣款后的净额。
三、残保金计算中的具体应用
在计算残保金时，必须采用应发工资作为工资总额的计算基础。这是因为应发工资更全面地反映了用人单位对劳动者的实际薪酬支出，并且符合相关政策法规的要求。例如，如果某员工的月应发工资为8000元，尽管其实发工资可能因扣除各项费用而低于这个数，但在计算残保金时，仍应以8000元作为该员工的工资总额。
四、总结
综上所述，残保金的计算应严格基于应发工资来进行，以确保计算的准确性和合规性。对于用人单位而言，正确理解并应用这一规定，不仅有助于避免可能的法律风险，还能确保在履行社会责任的同时合理控制成本。希望这个解答能帮助您更好地理解残保金申报中的工资总额计算问题。