当员工以灵活就业者的身份自行缴纳社保时，公司是否还需要为其缴纳社保是一个涉及法律义务和员工权益的重要问题。以下是对此问题的详细解答：

一、公司仍需为员工缴纳社保

首先，根据《中华人民共和国社会保险法》和《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位有义务为与其建立劳动关系的员工缴纳社保，这包括基本养老保险、医疗保险、工伤保险、失业保险等。这一义务是法定的，不因员工是否自行缴纳了灵活就业社保而改变。

二、灵活就业社保与职工社保的区别

灵活就业社保是为保障灵活就业人员社会保障权益而推出的政策，而职工社保则是企业根据劳动法律法规为在职职工必须缴纳的社会保险。两者在性质、缴费标准和保障范围上存在差异，不能相互替代。因此，即使员工已经以灵活就业者的身份缴纳了社保，公司仍然需要按照法律规定为其缴纳职工社保。

三、公司不缴纳社保的潜在风险

1. 劳动纠纷风险：如果员工在工作过程中发生工伤、失业等需要社保保障的情况，而公司未依法缴纳社保，员工将无法享受相应的社保待遇。这可能导致员工与公司之间产生劳动纠纷，甚至引发诉讼。

2. 行政处罚风险：劳动监察部门会对企业的社保缴纳情况进行监管。如果公司未依法为员工缴纳社保，将面临责令改正、罚款等行政处罚。

四、建议与解决方案

1. 沟通与协商：公司应与员工进行沟通，了解员工已缴纳的灵活就业社保情况。在协商一致的基础上，可以对单位应缴纳的社保部分进行适当调整或补缴。

2. 社保关系转移：员工成为公司正式员工后，应尽快将其灵活就业社保关系转入公司，由公司继续为其缴纳社会保险费用。这可以确保员工社保权益的连续性和完整性。

3. 合规管理：公司应建立健全社保管理制度，确保所有员工都能依法享受到社保权益。同时，公司应加强对社保缴纳情况的监管和自查，避免因管理不善而引发的法律风险和社会责任问题。

综上所述，即使员工自己以灵活就业者的身份缴纳了社保，公司仍然有必要且必须为其缴纳社保。这是企业的法定义务和责任担当，也是全面保障员工权益、维护社会稳定的重要举措。