关于水果农产品发票的税率问题，这确实是一个涉及多个因素的话题。以下是对这一问题的详细解答：
一、一般纳税人
对于一般纳税人而言，销售水果的税率主要取决于水果的来源以及销售方式。
自产自销的水果
- 税率：免征增值税。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条的规定，农业生产者销售的自产农产品（包括水果）免征增值税。在开具发票时，税率栏应填写“免税”。
- 注意事项：需要确保已进行免税备案，否则不能开具税率为0的普通发票。
购进后销售的水果
- 一般情况：适用的增值税税率为9%。这是因为，虽然水果属于农产品，但在非自产的情况下，它被视为正常的商品进行销售，并据此征税。
- 特殊情况：如果一般纳税人选择使用简易计税方法，那么征收率为3%。但需要注意的是，选择简易计税方法有一定的条件和限制，并且一旦选择，36个月内不得变更。
- 进项税额抵扣：在销售购进的水果时，如果能够取得合法的进项税额抵扣凭证（如增值税专用发票），则可以抵扣相应的进项税额，从而减少实际缴纳的增值税额。
销售深加工水果产品
- 如果水果经过了深加工，如制成果罐头、果脯等，那么其税率可能会达到13%，具体依据产品性质和税收归类确定。
二、小规模纳税人
对于小规模纳税人而言，销售水果的税率也有所不同。
一般情况
- 适用征收率：原本为3%，但根据最新政策，自2023年1月1日至2027年12月31日，减按1%征收率征收增值税。
- 发票类型：如果开具普通发票，税率栏显示为1%；如果选择开具专用发票，税率可以是1%或3%（具体视政策执行而定）。
季度销售额未超标准
- 如果季度销售额未超过30万元（月度未超10万元），那么在开具普通发票时可以享受免征增值税的优惠，税率栏显示“免税”。
三、注意事项
- 税收政策动态关注：由于税收政策可能会根据国家经济情况和政策导向进行调整，因此建议纳税人及时关注国家税收政策的动态变化，并与当地税务机关保持沟通，以确保准确适用税率和正确履行纳税义务。
- 发票真实性与合法性：销售方在开具发票时，必须如实填写信息，确保发票的真实性和合法性。购买方也应仔细核对发票信息，确保与所购商品相符，以便进行税务抵扣或报销。
综上所述，水果农产品发票的税率问题涉及多个因素，包括纳税人的身份、水果的来源、销售方式以及当前的税收政策等。在具体操作中，应根据自身的实际情况和当地的税收政策来确定具体的税率和应纳税额。如有需要，可以咨询专业的税务机构或当地税务机关进行进一步的了解和确认。