即便拖欠农民工工资已达5年，只要符合相关程序和规定，特别是能够证明诉讼时效存在中断、中止等情形，法院仍会受理该案件。农民工有多种法律途径来维护自身的合法权益。

1. 诉讼时效的考量：

   • 根据《民法典》的规定，普通诉讼时效期间为三年，但最长诉讼时效期间为二十年。对于拖欠农民工工资的情况，如果在这5年期间，农民工曾向用人单位主张过权利，如通过书面、口头等方式要求支付工资，那么诉讼时效会发生中断，并重新计算。
   • 同时，《中华人民共和国劳动法》规定，工资应按月支付给劳动者，不得克扣或无故拖欠。在劳动关系存续期间，劳动报酬的诉讼时效不受此限制；若劳动关系终止，则需在终止之日起1年内提出诉求。

2. 劳动仲裁的前置程序：

   • 拖欠农民工工资属于劳动争议，需先经过劳动仲裁委员会的仲裁。对仲裁裁决不服的，方可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。

3. 维权建议：

   • 向劳动行政部门投诉：农民工可以向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令用人单位限期支付工资，并可能获得赔偿金。
   • 申请劳动仲裁：若劳动投诉无法解决，应向当地的劳动人事争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
   • 保留证据：农民工在平时工作中应特别注意保留相关工作及欠薪证据，如考勤记录、工资条、劳动合同等，这些在维权过程中将起到至关重要的作用。

4. 实际操作中的注意点：

   • 尽管法律规定了二十年的最长诉讼时效，但建议农民工尽早采取行动，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
   • 在与用人单位协商或申请劳动仲裁时，务必保持冷静和理性，依法维权。

综上所述，拖欠农民工工资5年并不意味着法院不会受理该案件。只要农民工能够积极采取措施，保留证据，并通过合法途径维权，仍有很大的机会维护自身的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。