年终奖被扣是否违法，主要取决于劳动合同、员工手册或公司规章制度中的具体约定，以及公司扣发年终奖的具体原因。以下是对此问题的详细分析：

1. 有明确约定且公司无故违反的情况：

   • 若劳动合同、员工手册或公司规章制度中明确规定了年终奖的发放条件、数额等，且员工已满足这些条件，但公司无正当理由扣发年终奖，则公司的行为构成违法。
   • 示例：劳动合同中约定，员工年度绩效考核达到“优秀”即可获得年终奖，员工确实达到了“优秀”，但公司却以经营效益不佳为由扣发年终奖，此时公司行为违法。

2. 公司规章制度合理且扣发有据的情况：

   • 若公司有合理的规章制度，且该制度经过民主程序制定并已向员工公示，明确规定在某些情况下（如员工严重违反公司纪律、给公司造成重大损失等）可以扣发年终奖，那么公司依此扣发年终奖不违法。
   • 示例：公司规章制度中规定，员工年度内累计旷工超过10天将不发放年终奖，某员工在年度内累计旷工15天，公司据此扣发其年终奖，此时公司行为合法。

3. 年终奖属于公司自主决定发放的情况：

   • 若年终奖并非法定或合同明确约定必须发放的，而是公司基于自身经营状况等因素自主决定发放的，那么公司基于自身经营状况等因素决定不发放或扣发年终奖，通常也不构成违法，但公司应向员工做好解释说明工作。
   • 示例：公司以往年份会发放年终奖，但并未形成书面的规定或约定，某一年因经营业绩不佳决定不发放或扣减年终奖，且已向员工解释说明，此时公司行为通常不被认定为违法。

4. 恶意克扣的情况：

   • 如果公司为了达到少支付或不支付年终奖的目的，故意设置不合理的考核标准、篡改考核结果或采取其他不正当手段来克扣员工的年终奖，这种行为属于违法行为。
   • 示例：公司在年终考核时突然提高原本合理的销售业绩标准，导致大部分员工无法达标，进而以此为由扣发年终奖，这种恶意克扣的行为是违法的。

综上所述，年终奖被扣是否违法需根据具体情况判断。员工在遇到年终奖被扣的情况时，应首先查看劳动合同和公司相关规定，了解自己的权益和公司的义务。若认为公司存在违法行为，可以先与公司进行沟通协商；若沟通无果，可以向劳动仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。