每年以发年终奖扣除奖金工资是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：

1. 有明确约定或规定的情形：

   • 如果劳动合同、员工手册或公司规章制度中明确规定了年终奖的发放条件、数额、计算方式，以及是否可以用于抵扣其他奖金工资等，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照这些规定执行，以年终奖扣除部分奖金工资，通常不构成违法。例如，若合同中规定“年终奖将根据员工年度绩效表现发放，且可用于抵扣员工当年未达标的部分绩效奖金”，员工在知晓并同意此条款的情况下，公司按此执行是合法的。
   • 但需注意：若公司无正当理由，或违反合同约定、规章制度，无故以年终奖扣除员工应得的奖金工资，则构成违法行为。员工有权要求公司补发被扣除的部分，并可能依据合同或法律追究公司的违约责任。

2. 恶意克扣或设置不合理条件的情形：

   • 如果公司为了少支付或不支付员工应得的奖金工资，故意设置不合理的条件，如提高考核标准、篡改考核结果，或以年终奖为名行克扣之实，这种行为属于违法行为。例如，公司突然提高原本合理的销售业绩标准，导致大部分员工无法达标，进而以此为由扣除员工的奖金工资，这种恶意克扣的行为是违法的。
   • 法律后果：员工有权向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司补发被扣除的奖金工资，并可能获得相应的赔偿。

3. 未明确约定或规定的情形：

   • 如果劳动合同、员工手册及公司规章制度中均未对年终奖及奖金工资的发放、扣除等作出明确约定或规定，那么年终奖和奖金工资的发放通常由公司根据自身经营状况、员工表现等因素自主决定。在这种情况下，公司以年终奖扣除部分奖金工资，一般不构成违法，但需确保这一做法公平合理，不侵害员工的合法权益。
   • 建议：尽管法律未明确禁止，但公司应谨慎处理此类情况，避免引发员工不满和劳动纠纷。员工在遇到此类情况时，也应与公司进行沟通协商，了解公司的具体做法和理由。

4. 员工未满足条件的情形：

   • 当公司明确规定了奖金工资的发放条件，而员工因自身原因未能满足这些条件时，公司扣除或不发放部分奖金工资是合法的。例如，若公司规定员工年度内累计旷工超过一定天数将不发放部分奖金工资，某员工在年度内确实累计旷工超过了这一标准，公司据此扣除其部分奖金工资是符合公司规定和法律要求的。

应对措施与建议：

• 员工在遇到公司以年终奖扣除奖金工资的情况时，应首先查看劳动合同和公司相关规定，了解自己的权益和公司的义务。
• 若认为公司存在违法行为，可以先与公司进行沟通协商，尝试解决问题。在协商过程中，注意保留相关证据，如合同、规章制度、工资条、考核记录等。
• 若沟通无果，员工可以向劳动仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。在申请仲裁或提起诉讼前，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的结果。

综上所述，每年以发年终奖扣除奖金工资是否违法需根据具体情况判断。员工应充分了解自己的权益和公司的规定，并在必要时采取合适的措施来维护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。