学校扣发职工年终奖是否违法，取决于具体的情况和扣发的理由。下面我将从几个方面进行详细分析：

1. 年终奖的性质：

   • 年终奖通常被视为职工的一种福利待遇，其发放往往基于公司的规章制度、劳动合同或集体合同的约定。
   • 如果学校与职工在劳动合同或相关规章制度中明确约定了年终奖的发放条件、标准和时间，那么学校应当按照约定执行。

2. 扣发年终奖的合法性：

   • 如果学校扣发年终奖是基于合理的理由，如职工未达到绩效考核标准、违反学校规章制度或法律法规等，且这些理由在劳动合同或规章制度中有明确规定，那么扣发年终奖可能是合法的。
   • 但如果学校无故扣发或未按约定发放年终奖，且没有合理的解释或依据，那么这种行为可能构成违法，侵犯了职工的合法权益。

3. 法律后果：

   • 如果学校扣发年终奖的行为被认定为违法，职工可以通过劳动争议仲裁或诉讼等方式维护自己的权益。
   • 在此过程中，职工需要提供充分的证据来证明学校的扣发行为是违法的，如劳动合同、规章制度、工资单、考勤记录等。

4. 建议：

   • 对于职工而言，如果认为学校扣发年终奖的行为不合法，可以先与学校进行沟通协商，要求学校给出合理的解释或依据。
   • 如果沟通无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动争议仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，学校扣发职工年终奖是否违法取决于具体的情况和扣发的理由。如果学校有合理的理由且符合法律法规的规定，那么扣发年终奖可能是合法的；但如果学校无故扣发或未按约定发放，那么这种行为可能构成违法。因此，在处理此类问题时，需要综合考虑各种因素并依法进行判断。