年终奖扣发一部分是否违法，需根据具体情况判断，主要取决于劳动合同、公司规章制度以及年终奖的发放条件是否满足。以下是对此问题的详细分析：
一、违法的情况
无正当理由随意扣发：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖作为工资总额的一部分，若劳动合同或公司规章制度已明确约定了年终奖的具体金额、发放方式等，且员工已满足获得年终奖的条件，此时用人单位无正当理由扣发部分年终奖，即构成违法行为。
- 示例：若劳动合同中明确规定“员工当年绩效考核合格，可获得相当于一个月工资的年终奖”，而员工绩效考核结果为合格，但公司却无故扣发部分年终奖，这种行为明显违反了合同约定，损害了员工的合法权益。
以不合理条件克扣：
- 若用人单位为了扣发年终奖，临时设置不合理的条件，如要求员工在年终奖发放前必须加班达到一定时长（且无紧急业务需求），或在没有充分证据的情况下以员工所谓的“工作失误”为由扣发年终奖，这些行为同样属于违法行为。
二、不违法的情况
依规章制度合法扣发：
- 若用人单位的规章制度经过民主程序制定（如经过职工代表大会讨论通过）并已向员工公示，其中明确规定了年终奖的发放条件和扣减情形，当员工确实出现符合扣减规定的情况时，用人单位可以依据规章制度扣发部分年终奖，且不构成违法行为。
- 示例：规章制度规定“若员工当年累计旷工达到5天以上，将扣减一定比例的年终奖”，某员工当年旷工6天，公司依此规定扣发部分年终奖，这种扣发行为是合法的。
绩效考核不达标扣发：
- 若劳动合同或规章制度规定年终奖与绩效考核挂钩，并有明确、合理的绩效考核标准和流程，员工经考核确实未达到相应标准，用人单位可以据此扣发部分年终奖，且通常被认为是合法的。
- 示例：公司规定根据员工年度绩效考核结果发放年终奖，并设定了不同等级的考核标准和对应的年终奖发放系数。若某员工考核结果为不合格，公司按照规定扣发部分年终奖，这种做法具有合理性和合法性。
公司经营困难或特殊情形下的调整：
- 如遇到不可抗力因素（如自然灾害、重大疫情等）导致公司经营困难，用人单位可以与工会或职工代表协商，对年终奖的发放进行调整。但这种调整需要遵循法定程序，并确保员工的知情权和参与权。
三、应对措施与建议
查看劳动合同和公司规章制度：
- 员工在遇到年终奖被扣的情况时，应首先查看劳动合同和公司相关规定，了解自己的权益和公司的义务。
与公司沟通协商：
- 若认为公司存在违法行为，可以先与公司进行沟通协商，尝试解决问题。在沟通过程中，注意保留好相关证据，如邮件、聊天记录等。
向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：
- 若沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。在申请仲裁时，需要提交相关证据材料，如劳动合同、工资条、银行流水等。
综上所述，年终奖扣发一部分是否违法，取决于具体的情况和法律依据。若用人单位无正当理由或依据不合理的条件扣发年终奖，则构成违法行为；若依据合法有效的规章制度或绩效考核结果扣发年终奖，则通常不构成违法行为。员工在遇到此类问题时，应充分了解自己的权益和公司的规定，并在必要时采取合适的措施来维护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。