针对您提出的“公开遴选招投标代理公司只有两家怎么办”的问题，我们可以参考《政府采购货物和服务招标投标管理办法》以及《政府采购非招标采购方式管理办法》的相关规定来为您解答。

首先，当公开招标的项目在投标截止后，如果投标人不足3家，您需要首先检查招标文件是否存在不合理条款或者招标程序是否符合规定。这一步骤是为了确保招标的公正性和合法性。如果发现招标文件存在不合理条款或招标程序有违规之处，您应当改正后依法重新招标。

如果招标文件没有不合理条款，且招标程序符合规定，但确实只有两家招投标代理公司参与，那么根据《政府采购非招标采购方式管理办法》的规定，您是可以向上级财政部门申请改变采购方式的。具体来说，您可以申请将原本的公开招标方式变更为竞争性谈判采购方式。

在进行竞争性谈判时，您需要编制谈判文件，并成立谈判小组。谈判小组将基于招标文件中的采购需求与这两家代理公司进行谈判，并最终确定合适的代理公司。

值得注意的是，虽然规定允许在特定情况下与两家供应商进行竞争性谈判，但您仍然需要确保整个过程的公正、公平和透明。同时，也要确保所选的代理公司具备相应的资质和能力，以满足您的招标需求。

综上所述，当公开遴选招投标代理公司只有两家时，您可以先检查招标文件的合理性和招标程序的合规性，然后考虑向上级财政部门申请改变采购方式，进行竞争性谈判。在整个过程中，都要确保公正、公平和透明，并选择具备相应资质和能力的代理公司。