当邀请招标过程中只有两家公司来投标时，招标人需要依据相关法律法规和项目的实际情况来审慎处理。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律法规依据
根据《中华人民共和国招标投标法》及其相关实施条例，通常情况下，如果投标人少于三个，招标人应当重新招标。这是为了确保招标过程的竞争性和公正性。然而，也存在一些特殊情况，如技术复杂、有特殊要求或者受自然环境限制，导致只有少量潜在投标人可供选择。在这些情况下，经过相关部门的批准，招标人可以采用其他方式采购或继续评标。
二、具体处理方式
分析原因：
- 招标人应首先深入分析导致只有两家投标的原因，可能是招标条件设置过高、宣传不到位、市场响应不积极等。这有助于招标人调整策略，提高后续招标的成功率。
与监管部门沟通：
- 在决定下一步行动之前，招标人应与当地招投标监督管理部门进行沟通，了解是否可以继续进行评标或需要采取其他措施。监管部门的意见和指导对于招标人做出决策至关重要。
考虑继续评标（需符合特定条件）：
- 如果项目确实具有特殊性，且只有两家投标人的情况已经过相关部门批准，招标人可以考虑继续进行评标。但在此过程中，必须确保评标过程的公平、公正和透明，避免出现任何违规操作。评标委员会应严格按照招标文件规定的评标标准和方法进行评审，对两家投标人的投标文件进行全面、客观的比较和评价。
重新招标：
- 如果不符合继续评标的条件，或者招标人认为重新招标更有利于项目的实施和公平竞争，那么应选择重新招标。在重新招标前，招标人应对招标条件、宣传策略等进行调整和优化，以吸引更多的潜在投标人参与。
转为其他采购方式：
- 根据《政府采购非招标采购方式管理办法》等相关规定，如果招标后没有供应商投标或者没有合格标的或者重新招标未能成立的，可以采用竞争性谈判、单一来源采购等方式进行采购。但需注意，转为其他采购方式也需要经过相关部门的批准，并遵循相应的程序和规定。
三、注意事项
确保程序合法合规：
- 无论选择哪种处理方式，招标人都必须确保整个程序的合法性和合规性，避免出现任何法律风险和纠纷。这包括遵守相关法律法规、遵循招标流程、确保评标过程的公正性等。
保护投标人权益：
- 在处理过程中，招标人应充分保护投标人的合法权益，确保评标结果的公正性和合理性。这包括及时回应投标人的疑问、提供必要的澄清和说明、确保评标过程的透明度等。
及时公告和通知：
- 对于重新招标或转为其他采购方式的决定，招标人应及时发布公告和通知，告知所有潜在投标人，并确保信息的公开透明。这有助于维护招标市场的秩序和公平竞争的环境。
综上所述，当邀请招标只有两家公司来投标时，招标人应根据相关法律法规和项目的实际情况来审慎处理，选择最适合的处理方式，并确保整个程序的合法性和合规性。