首先，我们要明确一点：合伙人以开发票的方式将工程款拿走，这可能涉及到合伙企业的财务管理、税务合规以及合伙人之间的权益分配等多个法律问题。以下是我根据这一情况给出的具体分析和建议：

1. 核查合伙协议：

   • 首先，应仔细核查合伙协议中关于工程款管理、利润分配以及财务透明度的相关条款。
   • 合伙协议是合伙人之间权利与义务的基础，也是解决此类纠纷的首要依据。

2. 评估税务风险：

   • 合伙人以开发票的方式提取工程款，需要确保这一行为符合税法规定，避免涉嫌偷税、漏税等违法行为。
   • 建议咨询专业税务机构或会计师，对相关税务问题进行全面评估。

3. 沟通协商：

   • 在确认合伙协议和税务合规性的基础上，与合伙人进行坦诚沟通，了解其行为背后的真实意图和动机。
   • 尝试通过协商达成共识，明确工程款的使用和管理方式，确保合伙企业的正常运营和合伙人的合法权益。

4. 法律途径：

   • 如果沟通协商无果，且合伙人的行为严重损害了合伙企业的利益或其他合伙人的权益，可以考虑通过法律途径维护自身权益。
   • 具体法律途径包括但不限于：提起民事诉讼、申请仲裁或向相关监管部门举报等。

5. 加强财务管理：

   • 为避免类似情况再次发生，建议加强合伙企业的财务管理制度建设，明确工程款等资金的流向和管理责任。
   • 可以考虑引入专业的财务管理人员或机构，提高财务管理的规范性和透明度。

综上所述，处理合伙人以开发票方式将工程款拿走的问题，需要从多个角度进行综合考虑和分析。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。