休息日扣加班工资是否合理，以及如何计算，这个问题涉及到《中华人民共和国劳动法》的相关规定，以下是对此问题的详细解答：

一、休息日加班工资是否合理

根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位在休息日安排劳动者工作，如果不能安排补休，那么必须支付加班工资。这是为了保障劳动者的合法权益，确保工作与休息的合理安排。因此，在休息日加班并支付相应的加班工资是合理的。

二、休息日加班工资的计算方法

1. 一般情况：
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 月计薪天数 × 200% × 加班天数
   • 月工资基数：按照劳动合同约定的劳动者本人工资标准确定；若劳动合同没有约定，则按照集体合同约定的加班工资基数及休假期间工资标准确定。
   • 月计薪天数：通常为21.75天，这是基于每年365天、扣除52个周末（每周2天）后的平均计薪日数。

举例：假设员工月工资为5000元，在某休息日加班一天且未获补休。其日工资为5000 ÷ 21.75 ≈ 230元，因此这一天的加班工资为230 × 200% × 1 = 460元。

1. 特殊工作制：
   • 不定时工作制：部分特殊岗位可能实行不定时工作制，在此制度下，劳动者在休息日工作通常不享有加班工资。但需注意，实行不定时工作制需经过劳动行政部门的审批。
   • 综合计算工时工作制：在此制度下，若计算周期内总的实际工作时间超过法定标准工作时间，超出部分视为延长工作时间，用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。若在法定休假日安排劳动者工作，则需按不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。若综合计算周期内实际工作时间未超法定标准，但包含休息日工作的，不视为加班，无需支付休息日加班工资。同样，实行综合计算工时工作制也需经劳动行政部门审批。

三、重要注意事项

• 补休与加班工资：用人单位在休息日安排劳动者延长工作时间后能够安排补休的，无需支付加班费。但对于法定休假日的加班，用人单位必须支付加班工资，且不能用补休替代。
• 合法权益保障：劳动者应了解自己的权益，如遇到加班工资计算不合理或未支付的情况，应及时与用人单位沟通或通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，休息日加班工资的计算需根据具体情况而定，用人单位应严格按照法律规定执行，以保障劳动者的合法权益。