关于员工加班补休是否扣工资以及如何计算的问题，这主要取决于加班的类型以及相关的法律规定。以下是我为您详细梳理的解答：
一、加班类型与补休、工资计算的关系
休息日加班：
- 补休优先：在休息日（通常是周六和周日）安排员工加班的，用人单位应首先考虑安排补休。
- 无补休则支付加班费：如果无法安排补休，那么需要支付不低于员工工资200%的加班报酬。例如，若员工在周六加班且未获得补休，其有权要求公司支付该日工资的200%作为加班费。
工作日加班：
- 必须支付加班费：在工作日安排员工延长工作时间的，无论是否后续安排补休，用人单位都需要支付不低于员工工资150%的加班报酬。比如，员工在周一晚上加班3小时，即使之后获得了补休，公司仍需支付这3小时150%的加班工资。
法定休假日加班：
- 必须支付高额加班费：在法定休假日（如元旦、春节等）安排员工工作的，无论是否安排补休，用人单位都需要支付不低于员工工资300%的加班报酬。例如，员工在国庆节期间加班一天，即便之后获得了补休，公司也必须支付其不低于日工资标准300%的加班工资。
二、加班工资的计算方法
- 日工资计算：月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）。
- 小时工资计算：日工资除以8小时。
- 加班工资具体公式：
- 工作日加班工资：小时工资乘以加班小时数再乘以150%。
- 休息日加班工资（不安排补休）：日工资乘以加班天数再乘以200%，或者小时工资乘以加班小时数再乘以200%。
- 法定休假日加班工资：日工资乘以加班天数再乘以300%，或者小时工资乘以加班小时数再乘以300%。
三、加班工资基数的确定
加班工资的计算基数通常按照劳动合同的约定来确定，但这个基数不得低于当地规定的最低工资标准。如果劳动合同中没有明确约定加班工资基数，或者约定的基数低于最低工资标准，那么应按照员工的实际工资收入作为加班工资的计算基数。
四、实际应用中的注意事项
- 用人单位应严格遵守法律规定，确保员工的合法权益不受侵害，按时足额支付加班工资或安排补休。
- 员工在加班后应了解自己的权益，如果遇到用人单位未按规定支付加班费或安排补休的情况，可以依法维护自己的权益，比如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，加班补休后是否计算加班工资以及如何计算，主要取决于加班的类型以及相关的法律规定。用人单位和员工都应了解并遵守这些规定，以确保双方的权益得到保障。