关于您提出的“农民工保证金不缴纳能否办理施工许可证”的问题，这主要取决于具体的地区和政策规定。以海南省为例，根据海南省住房和城乡建设厅发布的《关于取消农民工工资保证金作为施工许可证申领条件的通知》（琼建管〔2021〕211号），自该通知印发之日起，海南省全省范围内的房屋建筑和市政基础设施工程项目在申领施工许可证时，不再需要将农民工工资保证金作为申领条件。
具体来说，这一政策变化意味着：
申领施工许可证不再要求提供农民工工资保证金：在海南省，建设单位或施工单位在申请施工许可证时，无需再提交缴纳农民工工资保证金的书面承诺或相关证明材料。
但需在取得施工许可证后缴纳：尽管农民工工资保证金不再是施工许可证的申领条件，但施工许可证行政审批部门在核发施工许可证时，会告知建设单位并由其督促施工单位自工程取得施工许可证之日起20个工作日内按规定缴纳工资保证金。
政策依据：这一政策变化是基于《建筑法》、《保障农民工工资支付条例》、《行政许可法》和《工程建设领域农民工工资保证金规定》（人社部发〔2021〕65号）等法律法规，并结合“查堵点、破难题、促发展”活动而作出的决定。
对于其他地区，由于政策可能存在差异，因此是否需要将农民工工资保证金作为施工许可证的申领条件，还需根据当地的具体政策规定来确定。建议您在申请施工许可证前，先咨询当地的住房和城乡建设部门或行政审批部门，以了解具体的政策要求和办理流程。
总的来说，虽然海南省已经取消了农民工工资保证金作为施工许可证的申领条件，但施工单位仍需在规定时间内缴纳工资保证金，以确保农民工的合法权益得到保障。