针对公司层层转包后起诉应该起诉谁的问题，这主要取决于具体的合同关系和侵权事实。以下是从不同角度给出的详细分析：
合同相对性原则：
- 在一般情况下，合同具有相对性，即合同关系只能发生在合同双方之间。因此，如果公司A将业务转包给公司B，公司B再转包给公司C，那么公司A与公司B之间、公司B与公司C之间分别存在独立的合同关系。
- 如果公司A认为公司C的行为违反了其与公司B之间的合同约定（尽管这种违反可能是间接的），公司A通常不能直接起诉公司C，而是应该先起诉公司B，要求公司B承担违约责任。公司B在承担责任后，如果认为公司C有过错，可以再向公司C追偿。
实际施工人权益保护：
- 在建设工程领域，为了保护实际施工人的权益，法律允许实际施工人在一定条件下突破合同相对性，直接起诉发包人（即最初签订合同的公司A）要求支付工程款。
- 根据相关法律法规，如果实际施工人（如公司C）能够证明其与发包人之间存在事实上的合同关系（如通过转包、分包等行为实际参与了工程建设），且发包人欠付工程款，那么实际施工人可以直接起诉发包人。但这一规则主要适用于建设工程领域，且需要满足一定的条件。
侵权责任：
- 如果公司C的行为不仅违反了合同约定，还构成了对公司A或其他第三方的侵权（如侵犯知识产权、造成人身伤害等），那么公司A或其他受害方可以直接起诉公司C，要求其承担侵权责任。
- 在这种情况下，起诉的对象是侵权行为人（即公司C），而不受合同相对性的限制。
多层转包下的责任划分：
- 在多层转包的情况下，如果每一层转包都存在违法行为（如未取得相应资质、违反法律法规的强制性规定等），那么每一层转包人都可能需要对最终的结果承担一定的责任。
- 在这种情况下，公司A可以根据具体情况选择起诉一层或多层转包人，要求他们共同承担责任。但需要注意的是，这需要具体的证据支持，且可能涉及复杂的法律关系和责任划分。
法律建议：
- 在决定起诉谁之前，公司A应该首先梳理清楚各层转包之间的合同关系和侵权事实。
- 如果可能的话，尽量收集相关的证据材料（如合同、转账记录、沟通记录、侵权事实证明等），以便在起诉时能够充分证明自己的主张。
- 考虑到法律问题的复杂性和专业性，建议公司A在起诉前咨询专业律师（即我，周学广律师，专注于刑事辩护、交通事故领域，但也能处理公司法务相关问题）的意见，以便更准确地把握法律风险和诉讼策略。
可能面临的法律后果：
- 如果起诉对象选择不当或证据不足，可能导致诉讼失败或无法获得预期的赔偿。
- 在多层转包的情况下，如果涉及多个被告和复杂的法律关系，诉讼过程可能会比较漫长和复杂。
- 如果最终判决公司A胜诉，但被告无力履行判决，公司A可能还需要通过其他途径（如申请强制执行、参与破产清算等）来维护自己的权益。