在多层转包、层层转包的情况下，包工头应当根据具体情况选择合适的被告进行起诉，一般可以考虑起诉直接与其签订合同的上一手转包方，若存在违法分包或转包情形，也可考虑将发包人、总承包人等列为共同被告。以下是对此问题的详细分析：
一、合同相对性原则
在多层转包关系中，每一层转包都涉及两个合同主体：转包方和受转包方（即下一手的包工头或施工单位）。根据合同相对性原则，包工头通常只能向与其直接签订合同的上一手转包方主张权利。这是因为合同是双方之间设立、变更、终止民事关系的协议，只对合同双方具有约束力。
二、违法分包或转包的情形
如果多层转包中存在违法分包或转包的情形，即转包方或受转包方不具备相应的资质或违反了法律法规的强制性规定，那么包工头在起诉时可以考虑将发包人、总承包人等也列为共同被告。这是因为，在违法分包或转包的情况下，发包人或总承包人可能因选任不当或监管不力而承担一定的法律责任。
具体来说：
如果发包人知道或应当知道接受分包或转包的单位或个人没有相应资质或安全生产条件，仍然与其签订合同，那么发包人可能需要与转包方、受转包方承担连带赔偿责任。
如果总承包人或专业承包人将工程分包给不具备相应资质的单位或个人，或者将工程分包给个人，那么总承包人或专业承包人也可能需要承担相应的法律责任。
三、实际施工人的权益保护
在建设工程领域，为了保护实际施工人的权益，法律法规赋予了实际施工人在一定条件下直接向发包人主张工程款的权利。如果包工头作为实际施工人，在多层转包关系中难以向直接转包方追讨工程款，且符合一定条件（如工程已竣工验收合格等），可以考虑直接向发包人主张工程款。但这一权利的行使需要满足一定的条件，并且可能面临一定的法律风险和诉讼难度。
四、建议与注意事项
收集证据：在起诉前，包工头应尽可能收集与转包关系、工程款支付等相关的证据，如合同、转账记录、验收报告等。
咨询专业律师：由于多层转包关系复杂，涉及多个法律主体和法律关系，建议包工头在起诉前咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，以及诉讼的风险和策略。
合理选择被告：根据具体情况和证据收集情况，合理选择被告进行起诉。如果直接转包方具备支付能力且证据充分，可以优先考虑起诉直接转包方；如果存在违法分包或转包情形，且发包人或总承包人可能承担连带责任，可以考虑将发包人、总承包人等也列为共同被告。
注意诉讼时效：在起诉前，包工头还应注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。
总之，在多层转包、层层转包的情况下，包工头应当根据具体情况选择合适的被告进行起诉，并注意收集证据、咨询专业律师、合理选择被告以及注意诉讼时效等问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。