结论前置：和公司只签了保密协议书没有签劳动合同，一般被视为劳动关系，但具体需根据实际情况判断。保密协议虽然从属于劳动关系，但可以单独订立，具有法律效力，但它不能替代劳动合同在劳动关系中的核心地位。
分析说明：
保密协议与劳动合同的关系：
- 保密协议通常作为劳动合同的补充，两者存在主从关系。劳动合同是主合同，保密协议是从合同。保密协议可以单独订立，但其有效性和执行往往依赖于劳动关系的存在和确认。
- 劳动合同是确立劳动关系、明确双方权利义务的基础法律文件，对于保障劳动者的合法权益至关重要。而保密协议主要是约定劳动者承担保密义务，并不能完全替代劳动合同的功能。
只签保密协议不签劳动合同的法律后果：
- 对于劳动者而言，若用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同，需向劳动者每月支付二倍的工资。这增加了劳动者的经济权益保障，但同时也可能因劳动关系不明确而影响其他权益的保障。
- 对于用人单位而言，未签订劳动合同不仅需承担支付双倍工资的法律责任，增加用工成本，还可能面临劳动行政部门的处罚和监管。同时，保密协议的效力也可能因劳动关系的不明确而受到质疑，影响商业秘密的保护。
实际操作的建议：
- 在建立工作关系前，应明确双方是劳动关系还是其他合作关系。对于劳动关系，必须签订书面劳动合同，以明确双方的权利和义务。
- 保密协议应作为劳动合同的补充，详细、明确地规定保密范围、保密期限、保密措施及违约责任等内容，以确保协议的合法性和有效性。
总结：
因此，虽然只签了保密协议书没有签劳动合同的情况下，保密协议可以证明存在劳动关系，但并不能完全替代劳动合同在劳动关系中的核心作用。为确保双方权益的充分保护和避免不必要的法律风险，建议用人单位和劳动者在建立劳动关系时务必签订书面劳动合同，并视情况签订保密协议以加强商业秘密的保护。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。