农民工离职时，工资应当全部结清，这是基于相关法律法规的明确规定，也是保障农民工合法权益的重要举措。以下是对这一问题的详细解答：
一、法律法规依据
《工资支付暂行规定》第九条：该规定明确指出，当劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一条款直接适用于农民工群体，无论其离职是出于主动还是被动原因。
《中华人民共和国劳动法》：该法同样强调了用人单位在劳动关系终止时应结清劳动者工资的法律责任。这为农民工的工资权益提供了坚实的法律基础，确保他们在离职时能够得到应有的报酬。
二、农民工工资结清的重要性
农民工往往承担着家庭的主要经济负担，工资是他们维持生计和支付家庭开支的重要来源。因此，确保农民工离职时能够及时、足额地拿到工资，对于保障他们的基本生活权益至关重要。如果工资不能全部结清，可能会给农民工的生活带来极大的困难和挑战。
三、实际操作中的注意事项
协商要求：农民工在依法办理离职手续后，有权与用人单位协商要求立即结清工资。这是维护自身合法权益的第一步，也是最直接的方式。
合同约定：如果双方签订了劳动合同，并且合同中有关于工资支付时间的明确约定，那么双方应当按照合同的约定来执行。但需要注意的是，合同约定不得违反法律法规的强制性规定，如不得约定离职后长时间不支付工资等。
保留证据：农民工在离职前应尽可能保留与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
四、法律救济途径
如果用人单位无故拖欠或拒绝支付工资，农民工可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，要求立即支付工资。这是最直接、最和平的解决方式。
投诉举报：如果协商无果，农民工可以向当地劳动监察部门投诉举报。劳动监察部门将依法对用人单位的违法行为进行调查处理，并责令用人单位改正。
法律程序：如果以上两种方式均未能解决问题，农民工可以申请劳动仲裁或提起诉讼。通过法律途径来追讨被拖欠的工资，是维护自身合法权益的最后一道防线。
总结：农民工离职时工资应当全部结清，这是法律的明确规定。农民工应充分了解自己的法律权益，积极运用法律武器来维护自身的合法权益。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，切实履行好支付工资的法律责任，以维护良好的劳资关系和企业形象。