上班迟到是否会扣工资，关键在于公司是否有合法有效的规章制度作为依据，并且扣工资的数额需合理，与迟到给公司造成的实际损失相匹配。以下是对此问题的详细分析：
一、公司有合法有效的规章制度
制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需要向员工进行公示或告知。
- 如果公司有经过合法程序制定的规章制度，并且该规章制度中明确规定了员工迟到要扣工资，那么公司按照规定扣工资是有一定法律依据的。
扣工资合理性：
- 即便公司有合法的制度规定，扣工资的数额也应当合理，不能过高或过低。司法实践中，如果扣除的工资数额明显超过了合理限度，如迟到几分钟就扣除当天全部工资，这种做法可能会被认定为不合理。
- 合理性的判断通常基于迟到给公司造成的实际损失。一般来说，扣除的工资数额应该与这一实际损失相匹配。例如，若迟到导致公司业务受损，公司可根据实际损失情况，在合理范围内扣除相应工资。
二、公司无相关合法制度或扣款不合理
无相关制度或规定不合法：
- 如果公司没有经过合法程序制定关于迟到扣工资的规章制度，或者虽然有制度但没有向员工公示或告知，那么公司扣工资的行为是不合法的。
- 在这种情况下，员工有权要求公司返还扣除的工资。若公司拒绝返还，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
扣款不合理：
- 即使公司有规章制度，但如果扣款数额明显不合理，如迟到一次扣除当月工资的较大比例，这种做法也是不合法的。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
三、实际操作建议
公司角度：
- 公司在制定相关规章制度时，应充分征求员工的意见和建议，确保制度的公平性和合理性。
- 执行时应根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚，以维护员工的积极性和工作满意度。
员工角度：
- 员工应了解自己的权益和义务，在遭遇不合法或不合理的扣款时，及时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。
- 若认为公司的迟到罚款不合理或存在违法行为，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
举例说明：假设小张所在的公司有明确的规章制度，规定迟到一次扣除当天工资的10%，且该制度已经过合法程序制定并公示。某天，小张迟到了半小时，公司按照规定扣除了他当天工资的10%。这种情况下，公司的做法是合法的。但如果公司没有这样的规章制度，或者规章制度未经合法程序制定，或者扣款数额明显不合理（如扣除当天全部工资），那么小张有权要求公司返还扣除的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，上班迟到是否会扣工资取决于公司是否有合法有效的规章制度以及扣款的合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。