上班迟到是否算克扣工资，需视具体情况而定，但总体原则是：迟到扣工资在一定条件下是合法的，但必须符合法律法规和企业规章制度的规定，且扣款方式、金额需合理合法。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》第四十三条：用人单位不得无故克扣劳动者工资，但因劳动者违规行为导致的合理罚款不在此限。这意味着，如果迟到被视为违规行为，且公司有合法有效的规章制度作为依据，那么扣工资是合法的。
《工资支付暂行规定》第十五条及第十六条：进一步规定，用人单位可依法制定包含罚款制度的规章制度，且因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，可按劳动合同约定赔偿，从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。
二、企业规章制度的要求
规章制度需合法有效：企业规章制度的制定应经过民主程序，即需员工代表大会或全体员工讨论通过，并确保内容合理、公示到位。只有满足这些条件的规章制度，才能作为扣工资的依据。
扣款应合理合法：扣款应与迟到的严重性相匹配，避免过度处罚。例如，对于偶尔迟到几分钟的情况，扣款金额应相对较低；而对于频繁迟到或迟到时间较长的情况，扣款金额可以相应增加，但仍需遵守上述法律法规的限制。
事先告知员工：公司必须事先将扣款规定告知员工，并在规章制度中明确写明。未经告知或未按规定程序制定的规章制度，不能作为扣款的依据。
三、实际操作建议
明确规章制度与执行：公司应在员工入职时明确告知迟到扣款的相关规定，并确保员工签署知情同意书。执行时应根据迟到情况合理扣款，维护员工的积极性和工作满意度。
特殊情况灵活处理：对于不可抗力因素导致的迟到，如自然灾害、交通事故等，公司一般不应扣工资。对于首次迟到且情节轻微的情况，公司可以考虑给予警告、提醒等人性化处理方式。
员工维权途径：如果员工认为公司的迟到罚款不合理或未按规定程序制定，有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如工资条、考勤记录等。
四、举例说明
假设某公司规章制度规定：员工迟到每次扣款50元，但每月扣款总额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。如果某员工当月工资为5000元，迟到3次，那么公司最多只能扣款300元（5000元*20%/月-但实际因迟到3次，按每次50元算为150元，未超限额），且扣除后剩余工资应不低于当地月最低工资标准。
总结来说，上班迟到是否算克扣工资，取决于公司是否有合法有效的规章制度作为依据，以及扣款方式、金额是否合理合法。如果您对公司的迟到罚款有疑问或认为不合理，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。