结论：公司因迟到克扣工资是否合法，主要取决于企业规章制度的制定程序是否合法、扣工资额度是否合理，以及是否存在特殊情况等因素。以下是对此问题的详细分析：
一、企业规章制度的合法性与公示
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四条，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为确定双方权利义务的依据。
分析：
- 企业规章制度，包括迟到扣工资的规定，必须通过民主程序制定，即经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，应向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。若规章制度未履行民主程序或未公示，则扣工资行为可能违法。
二、扣工资额度的合理性
法律依据：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
分析：
- 扣罚金额应合理，不能过高，且应符合《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的限制。
- 若扣工资规定明显不合理，如迟到几分钟就扣除高额工资，或在扣除后工资低于当地最低工资标准，这样的扣工资行为可能不被法律认可。
三、特殊情况的考虑
- 分析：
- 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如突发重大交通事故导致道路堵塞，企业应给予理解并不予扣罚。
- 对于无故迟到的情况，企业在合理范围内进行扣工资是合法的。但需注意，扣工资应作为最后手段，且应确保扣罚措施的合理性。
四、实际操作建议
完善规章制度：
- 企业应制定完善的规章制度，明确工作时间、迟到扣罚措施等内容，并确保规章制度的制定程序合法、内容合理。
公示与告知：
- 规章制度制定后，应及时向员工公示或告知，确保员工了解并同意相关规定，避免因此产生纠纷。
合理执行：
- 在执行迟到扣工资时，企业应遵循公平、公正的原则，根据迟到情况合理扣款，避免过度处罚影响员工的工作积极性和满意度。
员工维权途径：
- 若员工认为企业的迟到扣工资行为不合法或存在争议，可与用人单位协商解决；协商不成的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结：公司因迟到克扣工资的合法性取决于多个因素的综合考量，包括企业规章制度的合法性与公示、扣工资额度的合理性以及是否存在特殊情况等。企业在制定和执行相关规章制度时，应严格遵守法律法规的要求，确保劳动者的合法权益得到充分保障。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。