公司扣迟到的钱是否合法，需根据具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

合法情况

1. 规章制度明确且合法：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，规章制度应向劳动者公示或告知。
   • 解析：如果公司制定了关于迟到扣钱的规章制度，且该制度经过民主程序制定，内容合法合理，并已向员工公示或告知，那么公司依据该制度对迟到员工进行合理扣钱，是行使用工自主权的体现，不违反法律。

2. 劳动合同有约定：

   • 解析：若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定扣钱也是合法的。

3. 扣除金额合理：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 解析：如果公司扣罚的金额在合理范围内，即不超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准，那么这种扣钱行为是合法的。

不合法情况

1. 缺乏规章制度或未公示：

   • 解析：如果公司未依法制定关于迟到扣钱的规章制度，或者制定了但未进行公开公示并告知员工，那么对迟到员工的扣钱行为可能不合法。

2. 扣罚金额不合理：

   • 解析：如果扣罚金额过高，导致员工工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或者扣除比例显失公平，那么公司的扣钱行为可能违反法律。

3. 特殊情况下的迟到：

   • 解析：如果员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、交通意外等，公司仍扣工资则不合理，应考虑实际情况予以豁免或减轻处罚。

其他注意事项

• 劳动者权益保护：如果劳动者认为公司的迟到扣工资规定不合理或存在违法情况，可以通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。
• 法律法规的适用：在处理迟到扣工资等劳动争议时，除了参考《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》外，还需关注《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，以确保争议得到妥善解决。

总结来说，公司扣迟到的钱是否合法，关键在于其规章制度的制定和执行是否符合法律规定，以及扣罚措施是否合理。如果公司规章制度明确、合法且已公示，且扣罚措施符合法定标准，那么扣钱行为可能合法；反之，则可能违法。因此，建议公司在制定和执行相关规章制度时，务必确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工，以维护劳动者的合法权益和企业的正常管理秩序。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。