上班迟到是否会扣底薪，取决于用人单位的规章制度是否合法、合理以及执行是否合规。以下是对此问题的详细分析：

一. 合法且合理的情况

1. 规章制度的制定：用人单位必须制定明确且合法的规章制度，该制度应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。规章制度中应包含关于迟到扣底薪的具体规定，且该规定应合理设定，扣除比例或金额不能过高。
2. 规章制度的公示：用人单位需提前将规章制度向劳动者公示或告知，确保劳动者知晓并理解相关规定。
3. 执行过程的合规性：用人单位在依据规章制度对迟到员工进行扣底薪处罚时，必须严格按照制度执行，不得随意变更或滥用权力。

在上述条件下，用人单位依据合法合规的规章制度对迟到员工进行适当的底薪扣除，是合法的。例如，若规章制度规定迟到一次扣除底薪的5%，且该规定已经过合法程序制定并公示，那么用人单位按照此规定执行扣罚是合法的。

二. 不合法或不合理的情况

1. 规章制度的缺失或不合法：若用人单位没有制定相关规章制度，或规章制度的制定程序不符合法律规定，则以此为依据扣员工底薪是不合法的。
2. 制度内容的不合理性：即使存在规章制度，但若其中关于迟到扣底薪的规定明显不合理，如扣除比例过高、惩罚措施过于严厉等，严重损害了劳动者的合法权益，这种情况下扣底薪也是不合法的。
3. 执行的随意性：用人单位在执行规章制度时，若未按照既定规定进行，而是随意对员工进行扣底薪处罚，同样构成不合法行为。

三. 劳动者的权益保护

若劳动者认为用人单位的扣底薪行为不合法或不合理，可以采取以下措施维护自己的权益：

• 与用人单位进行协商解决；
• 协商不成时，向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理；
• 提起劳动仲裁或诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

我建议：劳动者在面对迟到扣底薪的问题时，应首先了解用人单位的规章制度，并判断其合法性与合理性。若认为扣罚行为不合法或不合理，应及时采取措施维护自己的权益。同时，用人单位也应确保规章制度的合法性与合理性，并严格按照制度执行，以避免不必要的法律纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。