针对“耕地非农化哪个部门处理”的问题，结论如下：
耕地非农化问题主要涉及非法占用耕地进行非农业建设活动或擅自改变耕地用途的行为，这类问题通常由自然资源部门和农业农村部门共同负责处理。以下是详细分析：
自然资源部门与农业农村部门的职责：
- 这两个部门共同负责土地资源的保护和合理利用监管。对于非法占用耕地建房、挖砂、采石、采矿、取土等破坏种植条件的行为，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的行为，它们有权按照职责责令限期改正或者治理，并可处以罚款；若构成犯罪，则依法追究刑事责任。
- 法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第七十五条明确规定了上述职责和处罚措施。
具体应用场景：
- 若某村民未经批准擅自在耕地上建造房屋或进行其他破坏耕地的活动，可向自然资源部门或农业农村部门举报。这些部门将依法调查处理此类行为，确保耕地得到保护。
其他相关部门的职责（虽非直接处理耕地非农化，但在特定情况下可能涉及）：
- 生态环境部门：负责监管和查处由环境污染导致的耕地破坏行为，如工业废水、废气、废渣等污染物排放到耕地造成的土壤污染。虽然这并非直接的耕地非农化问题，但在某些情况下，环境污染可能导致耕地无法用于农业用途，从而间接涉及耕地非农化。
- 公安机关：在破坏耕地行为涉嫌犯罪时，公安机关负责依法侦查立案，并展开调查工作。若发现破坏耕地行为可能构成犯罪（如非法占用农用地罪），应及时向当地公安机关报案。
处理流程与建议：
- 在发现耕地非农化行为时，首先应根据破坏原因确定对应的责任部门，并及时向其报告或举报。
- 保留好相关证据（如照片、视频等），以便在需要时提供给相关部门。
- 若对处理结果不满意或认为存在不公正情况，可通过合法途径向上级政府或相关部门反映。
举例说明：
假设某地区有村民未经批准在耕地上建造了工厂，导致耕地无法用于农业种植。这种情况下，村民或相关人士可以向当地的自然资源部门或农业农村部门举报。这些部门将依法进行调查，并根据调查结果责令村民限期改正（如拆除工厂、恢复耕地）或治理（如进行土壤修复），并可能处以罚款。若村民拒不执行或行为构成犯罪，相关部门将依法追究其刑事责任。
总结与建议：
耕地非农化问题是一个复杂的法律问题，涉及多个部门的职责和协作。在处理这类问题时，建议首先明确破坏原因和责任部门，然后及时向相关部门报告或举报，并保留好相关证据。若遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。