农耕地纠纷一般归农业农村部门或自然资源部门管理，具体取决于纠纷的性质和内容。以下是对这一问题的详细分析：

一、农业农村部门的管理范围

农业农村部门主要负责农村土地承包经营纠纷的调解和仲裁。这包括但不限于：

• 土地承包合同纠纷：如因土地承包合同的签订、履行、变更、解除等产生的争议。
• 土地承包经营权流转纠纷：如因土地承包经营权的转包、出租、互换、转让、入股等流转行为产生的争议。
• 其他涉及农村土地承包经营的问题：如土地承包经营权的继承、收益分配等。

法律依据：根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，农业农村部门在农村土地承包经营纠纷的调解和仲裁中扮演着重要角色。

二、自然资源部门的管理范围

自然资源部门则主要负责农村土地（包括农耕地）的权属争议和土地利用规划等方面的管理。这包括但不限于：

• 土地权属争议：如因土地所有权、使用权的归属问题产生的争议。
• 土地利用规划纠纷：如因土地利用总体规划、土地利用年度计划等产生的争议。
• 非法占地、破坏耕地等违法行为：自然资源部门有权对非法占地、破坏耕地等违法行为进行查处。

法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，自然资源部门在土地权属争议和土地利用规划等方面具有管理职责。

三、其他相关部门

除了农业农村部门和自然资源部门外，根据纠纷的具体情况，还可能涉及以下部门：

• 乡镇人民政府：在农村土地承包经营纠纷的调解中，乡镇人民政府也扮演着重要角色。
• 司法机关：如纠纷涉及刑事犯罪或需要诉讼解决，则可能涉及公安机关、检察机关和审判机关等。

四、建议

1. 明确纠纷性质：首先，需要明确纠纷的性质和内容，以便确定应该向哪个部门寻求帮助。
2. 收集证据：在寻求帮助前，应尽可能收集相关证据，如土地承包合同、土地权属证明、现场照片等，以便更好地维护自己的权益。
3. 咨询专业律师：如果纠纷复杂或涉及法律问题较多，建议咨询专业律师，以便获得更全面、准确的法律建议。

总结来说，农耕地纠纷的管理部门取决于纠纷的性质和内容。在处理此类纠纷时，应首先明确纠纷性质，然后向相关部门寻求帮助。如有需要，也可以咨询专业律师以获得更全面的法律支持。