农村土地纠纷的处理部门主要依据纠纷类型而定，不同类型的纠纷由不同部门处理，具体如下：

1. 土地所有权和使用权争议

   • 处理部门：此类争议一般先由当事人协商解决；协商不成的，根据争议主体不同，由不同级别的人民政府处理。具体来说，单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
   • 法律依据：根据《土地管理法》第十四条，土地所有权和使用权争议，应先由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。对处理决定不服的，可在接到通知之日起三十日内向人民法院起诉。在争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。

2. 土地承包经营纠纷

   • 处理部门及方式：
     1. 双方协商：首选方式为双方当事人通过协商解决。
     2. 调解：可请求村民委员会、乡（镇）人民政府等调解。调解达成协议后，应制作调解协议书并生效。
     3. 仲裁：不愿协商、调解或协商、调解不成的，可向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。仲裁机构根据实际需要设立，通常设在县、不设区的市或设区的市及其市辖区。
     4. 诉讼：也可直接向人民法院起诉。对仲裁裁决不服的，自收到裁决书之日起三十日内可向人民法院起诉；逾期不起诉的，裁决书生效。
   • 法律依据：依据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》及相关规定。

3. 土地征收补偿纠纷

   • 处理部门及方式：
     • 协调与裁决：因土地补偿费、安置补助费分配引发的纠纷，或对补偿标准有争议的，先由县级以上地方人民政府协调；协调不成的，由批准征收土地的人民政府裁决。
     • 行政复议或行政诉讼：若认为行政机关在土地征收过程中存在违法行为，如违法征收、未依法补偿等，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
   • 法律依据：根据《土地管理法实施条例》等相关法律法规。

综合建议：

在处理农村土地纠纷时，应优先考虑通过协商或调解等和平方式解决，这有助于维护当事人之间的和谐关系，降低解决纠纷的成本。若协商、调解无果，则应根据纠纷的具体类型，及时向相应的政府部门申请处理或直接向人民法院提起诉讼，以维护自身合法权益。在整个过程中，你可以直接向我咨询具体的法律建议和帮助，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。