土地非农化问题由县级以上人民政府自然资源主管部门和农业农村主管部门等按照职责管理。

具体来说，根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，对于占用耕地进行非农建设，如建窑、建坟、擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等行为，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，并可以并处罚款；构成犯罪的，还会依法追究刑事责任。

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