针对“耕地非农化违法行为由哪个部门执法”的问题，我可以明确告知您：

耕地非农化违法行为主要由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责进行执法。

具体来说：

1. 依据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条：占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

2. 依据《基本农田保护条例》第二十九条及第三十三条：县级以上地方人民政府土地行政主管部门、农业行政主管部门对本行政区域内发生的破坏基本农田的行为，有权责令纠正。对于占用基本农田建窑、建房、建坟等或者从事其他活动破坏基本农田，毁坏种植条件的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令改正或者治理，恢复原种植条件，并处以相应罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

综上所述，耕地非农化违法行为涉及多个部门的执法权限，但主要由县级以上人民政府自然资源主管部门和农业农村主管部门等按照各自职责进行查处。如果您遇到相关违法行为或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问，我将为您提供专业的法律帮助。