非法占用耕地的问题，确实可以由农村农业部门（实际应为农业农村主管部门）参与处理，但具体处理方式和责任主体需根据违法情节和法律规定来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律责任与处理部门
行政责任：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》第七十五条，非法占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款。
- 这意味着，农业农村主管部门在非法占用耕地的行政处理中扮演着重要角色，它们有权参与调查、责令改正或治理，并可以并处罚款。
刑事责任：
- 若非法占用数量较大且造成耕地大量毁坏，可能构成非法占用农用地罪，依据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。
- 刑事责任的追究通常由公安机关立案侦查，但农业农村主管部门在发现违法行为后，也会及时将涉嫌犯罪的案件移送公安机关。
二、处理流程与措施
发现与举报：
- 乡镇政府、村委会需定期排查耕地使用情况，同时鼓励村民通过12336等渠道反映非法占用耕地的问题。
调查核实：
- 自然资源部门会联合农业农村部门进行现场勘查，调取土地权属证明、承包合同等证据，以确认违法事实。
分类处置：
- 对于轻微违法行为，农业农村主管部门会下发整改通知书，要求限期内恢复耕种条件。
- 对于涉嫌犯罪的违法行为，农业农村主管部门会及时将案件移送公安机关立案侦查，并同步开展生态损害评估。
恢复与监管：
- 对复垦耕地进行验收，确保达到种植标准；同时，建立长效巡查机制，防止违法行为反弹。
三、实际案例与法律后果
- 某企业未经批准占用5亩永久基本农田建设厂房，被处以30万元罚款并要求恢复原状。在此案例中，农业农村主管部门可能参与了调查核实和责令改正的过程。
- 个人在耕地上挖砂取土导致10亩耕地种植条件严重毁坏，被判处有期徒刑一年并处罚金。这显示了非法占用耕地可能面临的严重刑事后果。
四、预防措施与建议
强化政策宣传：
- 通过村广播、宣传栏等方式普及耕地保护法规，提高村民的法律意识。
完善审批制度：
- 明确设施农业用地备案程序，简化合法用地申请流程，减少非法占用耕地的发生。
提升执法效能：
- 运用卫星遥感、无人机等技术手段实现动态监测，加强部门联动执法，及时发现并制止非法占用耕地的行为。
总结来说，非法占用耕地的问题确实可以由农业农村主管部门参与处理，它们在行政处理中扮演着重要角色。同时，非法占用耕地还可能面临严重的刑事后果。因此，建议你严格遵守耕地保护法规，避免非法占用耕地。如果你有任何关于耕地保护或非法占用耕地的法律问题，都可以直接向我咨询。